القاشاني لبلاطات الحضرة الشريفة و الصحن كما حدّثنا بذلك من أدرك صنعه فيه في العهد العثماني، و قد أدركنا مواضع طبخ صفائح الفخار و الحجر القاشاني في هذا الفضاء الواسع.

و في سنة 1352 هـ-1934 م جدّد بناء هذا المسجد على نفقة الأوقاف بإشراف و نظر الحاج محسن شلاش النجفي.

و في شهر رجب سنة 1368 هـ هدمت الحكومة المحلّية ثلثا من مساحته عند فتح الشارع الجديد العام المحيط بالصحن من جميع جهاته، و بعد ترميم المسجد فتحت له بابا على هذا الشارع الجديد أيضا.

و في سنة 1384 هـ هدم مسجد الخضراء و توابعه، و شيّد تشييدا ضخما بالخرسانة المسلّحة، فكانت عمارته الجديدة أوّل عمارة من نوعها يعمّر فيها مسجد في النجف الأشرف، كما و قد شيدت في الطابق الثاني من الساحة التي أمام المسجد مكتبة عامّة يقدّر عدد كتبها بحدود 2000 كتابا، و كانت مدّة عمارته سنة كاملة، و بلغ ما صرف عليه و متعلّقاته 25000 دينارا.

و كانت عمارة مسجد الخضراء هذه بأمر سماحة المرجع الأعلى رئيس الحوزة العلمية السيّد أبو القاسم الموسوي الخوئي، تحت إشراف العلاّمة الشيخ أحمد الأنصاري. و قد أرّخ عمارته المغفور له الحجّة السيّد موسى آل بحر العلوم، بقوله:

أحقّ بتقديسه للصلاة # بيت الغريّين لا المقدس‌

غداة تجدّد أرّخته # (تباركت من مسجد أقدس)

و كتب هذا التاريخ في شبّاك الباب الداخلي المؤدّي إلى الصحن الشريف بحروف حديديّة. و قد تبرّع تجّار آذربيجان من سكنة مدينة طهران بـ (15) قطعة من السجّاد الإيراني الثمين لفرش هذا المسجد. و اليوم يمتلى‌ء المسجد على سعته بطلاّب العلوم الدينية لاستماع محاضرات الأستاذ السيّد أبو القاسم الخوئي دام ظلّه الوارف.