قال شيخنا محمد حرز الدين حول تسمية المسجد بهذا الاسم: الخضرة صنعها درويش هندي في الساحة المتّصلة بالمسجد فيما يقارب عصر الملالي في النجف، و اشتهر بمسجد الخضرة من ذلك التاريخ. [1]

أمّا بناء هذا المسجد فقد نسبه السيّد حسين البراقي‌ [2] إلى علي بن المظفّر النجّار صاحب الرؤيا التي رواها السيّد ابن طاووس عن ابن المظفّر، قال: كانت لي حصّة في ضيعة فأخذت منّي غصبا فدخلت إلى مرقد أمير المؤمنين عليه السّلام شاكيا و قلت: يا أمير المؤمنين إن رددت هذه الحصّة عليّ عملت مسجدا من مالي، فردّت الحصّة عليه، فغفل مدّة، فرأى أمير المؤمنين عليه السّلام و هو قائم في زاوية القبّة، و قد قبض على يده و طلع حتى وقف على باب الوداع البرّاني، و أشار إلى المجلس و قال: يا علي‌ يُوفُونَ بِالنَّذْرِ [3] ، قال: فقلت: حبّا و كرامة يا أمير المؤمنين. فأصبح فاشتغل في عمله. [4]

أقول: لم نجد اليوم في المسجد أثرا تاريخيّا يستظهر منه شي‌ء. و كانت أرض المسجد القديمة-في القرن السابع الهجري-مساوية لأرض الصحن قبل دفنه. و قد أدركنا بابه الصغير القديم من الصحن الشريف في دهليز ضيّق تحت إيوان الحجرة الثانية في أقصى شمال الجهة الشرقية، يؤدّي إلى فضاء واسع من توابع أوقاف الصحن، يقع المسجد من هذا الفضاء-على يمين الداخل إليه-في الزاوية الجنوبية منه.

و المسجد يتكوّن من ثلاث اسطوانات قديمة إلى الشرق منخفضة البناء، أمّا الفضاء الشمالي الواقع أمام المسجد فهو من توابع أوقاف الصحن، و كان يصنع فيه الحجر

[1] معارف الرجال: 1/165.

[2] اليتيمة الغروية و التحفة النجفية: 34.

[3] سورة الإنسان: الآية 7.

[4] فرحة الغري: 178.