شیخ طوسی می‌نگارد:
هنگامی که پیامبر اسلام صلی الله علیه وآله وسلم وارد مدینه شد نامه‌ای به وسیله ابو واقدلیثی، به حضور علی علیه السلام ارسال داشت که خلاصه نامه چنین بود:
یا علی فوراً به ما ملحق شو و توقف ننما. [1] .
وقتی نامه پیامبر صلی الله علیه وآله وسلم به دست امام علی علیه السلام رسید، فوراً به آن گروه از مؤمنان که آماده مهاجرت بودند پیغام داد تا مخفیانه از مکّه (به سوی مدینه) حرکت کنند و در چند کیلومتری شهر به نام «ذی طوی» توقف نمایند تا قافله امام به آنان برسد.
حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام بار سفر بست و زنان را به کمک «ایمن» فرزند «اُمّ ایمن» سوار بر کجاوه کرد
و به ابوواقد آوردنده نامه پیامبر صلی الله علیه وآله وسلم فرمود:
شتران را آهسته حرکت ده زیرا زنان توانائی تندروی ندارند. [2] و منظور از زنان فقط فواطم بود یعنی (فاطمه علیها السلام دختر پیامبر صلی الله علیه وآله وسلم، فاطمه بنت اسد مادر علی علیه السلام، فاطمه بنت زبیر بن عبدالمطلّب) [3] .
قافله امام علی علیه السلام مکّه را به جانب مدینه ترک گفت. نزدیک بود که کاروان به سرزمین ضَجْنان [4] که هشت [5] سوار نقاب دار از دور نمایان شدند و به سرعت اسبهای خود را به سوی کاروان می‌راندند.
حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام بخاطر جلوگیری از هر نوع پیشامد بد و ناگواری برای زنان، به «ابو واقد» و «ایمن» دستور داد که فوراً شتران را بخوابانند و پاهای آنها را ببندند،
سپس زنان را پیاده کرد که سواران با شمشیرهای برهنه سر رسیدند و در حالی که خشم گلوی آنان را می‌فشرد، شروع به بدگوئی کردند،
و گفتند تصوّر می‌کنی با این زنان می‌توانی از دست ما فرار کنی؟!
حتماً باید از این راه باز گردی.
امام علی علیه السلام فرمود:
اگر باز نگردم چه می‌شود؟
سواران گفتند:
یا با زور تو را بر می‌گردانیم و یا با سر تو باز می‌گردیم!!
پس از گفتن این جمله، بطرف شتران رو آوردند تا آنها را رم دهند.
در این حال حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام با شمشیر خود مانع از پیشروی آنان گردید.
یکی از آنها با شمشیر خود به جانب امام علی علیه السلام حمله برد، حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام شمشیر او را از خود باز گرداند و سپس در حالی که کانونی از خشم و غضب بود با شمشیر خود به سوی آنان حمله برد و شمشیر خود را متوجّه یکی از آنان بنام «جناح» (غلام حارث بن امیه) ساخت.
شمشیر نزدیک بود که بر شانه او فرود آید، ناگهان اسب او عقب پرید که ضربت امام بر پشت سر اسب او فرود آمد.
«به روایتی علی علیه السلام آنچنان ضربتی بر دوش او فرود آورد که کتف وی به دو قسمت تقسیم شد.» [6] .
سپس افزود:
من عازم مدینه هستم و هدفی جز این ندارم که به حضور رسول خدا صلی الله علیه وآله وسلم برسم، حال هر کسی می‌خواهد که گوشت او را قطعه قطعه کنم و خون او را بریزم بدنبال من بیاید و یا به من نزدیک شود،
این جمله را گفت و سپس به ایمن و ابوواقد فرمود:
برخیزید و پای شتران را باز کنید و راه خود را پیش گیرید.
مهاجمین از جرأت و شجاعت آن حضرت متوحّش شدند و احساس کردند که علی علیه السلام تا پای جان حاضر است با آنان بجنگد، لذا از تصمیم خود منصرف شده و راه مکّه را در پیش گرفتند.
حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام با کمال خونسردی، به راه خود ادامه داد تا به ضجنان رسید و یک شب و یک روز در آنجا به استراحت پرداخت تا افراد دیگری که تصمیم به مهاجرت داشتند به وی بپیوندند.
ابن صباغ مالکی گوید:
جمعی از ضعفای مؤمنین که امّ ایمن نیز از آنها بود، با کاروان همراه شدند. [7] .
پس از ادامه حرکت، امام علی علیه السلام تمام این مسافت را با پای پیاده طی کرد و در تمام منازل، یاد خدا از زبان حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام دور نمی‌شد و در طی این مسافرت نماز را با همسفران خود بجا می‌آورد.
برخی از مفسّرین نوشتند:
آیه زیر درباره این افراد نازل گردیده است:
اَلَّذینَ یذْکُرُنَ اللَّهَ قِیاماً وَ قُعُوداً وَ عَلَی جُنُوبِهِمْ وَ یتَفَکَّرُونَ فی خَلْقِ السَّماواتِ وَ الْاَرضِ رَبَّنا ما خَلَقْتَ هذا باطِلاً. [8] .
«آنها کسانی هستند که خدا را در حال ایستادن و نشستن و آنگاه که بر پهلو خوابیده اند، یاد می‌کنند و در اسرار آفرینش آسمانها و زمین می‌اندیشند و می‌گویند بار الها اینها را بیهوده نیافریده ای.»
از طرفی رسول خدا صلی الله علیه وآله وسلم در قُبا [9] در انتظار علی علیه السلام بود، ابوبکر اصرار می‌کرد که داخل شهر مدینه شوند ولی پیامبر خدا صلی الله علیه وآله وسلم فرمود:
لا اُریمُ مِنْ هذا الْمَکانِ حَتَّی یوافی اَخی عَلِی علیه السلام
«از این مکان حرکت نخواهیم کرد تا برادرم علی به ما برسد.» [10] .
امام علی علیه السلام با کاروان کوچک در محلّه «قُبا» هنگامی بر پیامبر صلی الله علیه وآله وسلم وارد شد که قدمهای مبارک وی ورم کرده بود.
چون رسول خدا صلی الله علیه وآله وسلم علی را با آن وضع مشاهده کرد او را در آغوش کشید و اشک در چشمان آن حضرت حلقه زد و آب دهان مبارک خود را بر قدمهای مجروح علی علیه السلام مالید که از کرامت آن حضرت، شفا یافت و تا آخر عمر از پای خود ناراحتی ندید. [11] .
به هر حال وقتی کاروان حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام به قبا رسید، پیامبر خدا صلی الله علیه وآله وسلم با همراهی او از قبا به سوی مدینه حرکت کرد. [12] .
اعتقاد کامل و ایمان والا، امام علی علیه السلام را به هجرت و مهاجرت توفیق داد تا هم خود و خانواده پیامبر خدا صلی الله علیه وآله وسلم و دیگر مهاجران را به سلامت از محدوده نفوذ مشرکین مکّه خارج سازد و به رسول خدا صلی الله علیه وآله وسلم به پیوندد.
حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام در خطبه 57 نهج‌البلاغه نسبت به سبقت خویش در هجرت اشاره می‌کند و می‌فرماید:
أَمَّا إِنَّهُ سَیظْهَرُ عَلَیکُمْ بَعْدِی رَجُلٌ رَحْبُ الْبُلْعُومِ، مُنْدَحِقُ الْبَطْنِ، یأْکُلُ مَا یجِدُ، وَیطْلُبُ مَا لَا یجِدُ، فَاقْتُلُوهُ، وَلَنْ تَقْتُلُوهُ! أَلَا وَإِنَّهُ سَیأْمُرُکُمْ بِسَبِّی وَالْبَرَاءَةِ مِنِّی؛ فَأَمَّا السَّبُّ فَسُبُّونِی، فَإِنَّهُ لِی زَکَاةٌ، وَلَکُم نَجَاةٌ؛ وَأَمَّا الْبَرَاءَةُ فَلَا تَتَبَرَّأُوا مِنِّی؛ فَإِنِّی وُلِدْتُ عَلَی الْفِطْرَةِ، وَسَبَقْتُ إِلَی الْإِیمَانِ وَالْهِجْرَةِ.
آگاه باشید، پس از من مردی با گلوی گشاده و شکمی بزرگ بر شما مسلّط خواهد شد، که هر چه بیابد می‌خورد، و تلاش می‌کند آنچه ندارد به دست آورد، او را بکشید! ولی هرگز نمی‌توانید او را بکشید آگاه باشید بزودی معاویه شما را به بیزاری و بدگوئی من وادار می‌کند، [13] بدگوئی را به هنگام اجبار دشمن اجازه می‌دهم که مایه بلندی درجات من و نجات شماست، اما هرگز در دل از من بیزاری نجوئید که من بر فطرت توحید تولّد یافته‌ام و در ایمان و هجرت از همه پیش قدم‌تر بوده‌ام.