مع المسلمين و لكن مقوقس لم ينكث عهده و لحق القبط بالمسلمين، و لمّا استقرّ المسلمون في مصر صلحا أو عنوة على قول بعضهم و فتحوا الاسكندريّة و دخلها عمرو ابن العاص فتن بها و أراد الإقامة فيها كمركز لجيوش الإسلام، فاستجاز من عمر في ضمن مكتوب أفصح فيه عن فتوحاته فأجابه بما يلي:

لا تجعلوا بيني و بينكم ماء حتّى إذا ما أردت أركب اليكم راحلتي حتّى أقدم عليكم قدمت.

فلمّا قرأ مكتوب عمر رحل من اسكندريّة إلى الفسطاط فسكنها و جعلها معسكر المسلمين فتنازع الجيش في مسكنهم حول فسطاط فأمر عمرو أربعة من امراء الجيش فخطّوا لهم و عينوا حدود مساكنهم، و قد اشترك من أصحاب رسول اللّه 6 في حرب مصر أربعة عشر من المهاجرين يرأسهم زبير بن العوّام، و ستة عشر من الأنصار يرأسهم عبادة بن صامت الأنصاري.

و لمّا ثمّ فتح مصر صار عمرو بن عاص واليا عليها و هو أوّل من صار واليا على مصر من المسلمين و هو قرشيّ من سهم بن عمرو بن هصيص بن كعب بن لويّ، و كان يسافر إلى مصر تاجرا في أيّام الجاهليّة، و فتح مصر أيّام عمر يوم الجمعة غرّة محرّم سنة العشرين من الهجرة، و بقى فيها واليا أربع سنين و شهورا، زار عمر خلالها مرّتين.

كان في إسكندريّة مصر رجل يسمّى يحيى النّحوي من أساقفة إسكندريّة فهداه اللّه إلى الإسلام فكبر على الأساقفة فاجتمعوا حوله و ناظروه فأجابهم و دام على إسلامه، فلمّا فتح عمرو بن العاص المصر دخل عليه فاستقبله باكرام لما سمع من فضله و مجاوبته للنّصارى في إثبات حقانيّة الإسلام و اتّخذه نديما له يكتسب من فضله و حكمته.

فقال يوما لعمرو: قد حزت ما في الإسكندريّة من الأموال و الخزائن و لا كلام لأحد معك في ذلك لكن هنا شي‌ء لا يفيدكم و نحتاج إليه فاعف عنه و دعه لنا، فقال عمرو: ما هو؟ قال: كتب الحكمة الّتي جمعها ملوك إسكندريّة طيلة