صبح از بستر خواب بلند مى‌شد. و روى به درگاه خداوندى مى‌آورد و از روى خوف و طمع خدا را مى‌خواند و با ارباب خويش به مناجات مشغول مى‌شد. قطرات اشك چون درّ از چشمانش جارى مى‌شد. به نماز شب مى‌ايستاد در نزديك اذان مشغول استغفار شد. او از افرادى كه: كانوا قليلا من الليل ما يهجعون و بالاسحار هم يستغفرون.[1]

بعد از خواندن نماز شب در منزل، به حرم مطهر مشرف مى‌شدند. و نماز صبح را در حرم حضرت معصومه (سلام اللّه عليها) به جماعت به جاى مى‌آوردند. بعد از نماز تا طلوع آفتاب در محراب عبادت جلوس مى‌كردند. مشغول قرائت ادعيه و قرآن مى‌شدند. و هر روز حداقل يك جزء قرآن مى‌خواندند. و حدود هفتاد سال موفق بودند پيش از اذان صبح به حرم مشرف شوند. اين سيره ايشان بود تا اواخر عمرش، و تا آخر عمر هيچگاه سحرخيزى و نماز شب را ترك نكردند. چراكه او به خوبى مى‌دانست كه شرف و عزت مرد در قيام ليل است. و بهترين ساعتى است براى خلوت نمودن با يار.

نوافل را ترك نمى‌كرد و نمازهاى مستحبى را به جاى مى‌آورد. در زمان آيت اللّه بروجردى كه هنوز مرجعيت ايشان مشخص نبود، ايام البيض ماه رجب در مسجد امام حسن عسگرى معتكف مى‌شدند.

حضرت آقاى شيخ الاسلامى در اين مورد مى‌گفت:

«مرحوم آيت اللّه گلپايگانى يك فرد روحانى و معنوى بود و تقيّد عجيبى به انجام دستورات شرع مقدس داشت بسيار در عبادت حريص بود. وقتى وارد مسجد مى‌شد نماز تحيت را ترك نمى‌كرد. و اين درس بود براى بقيه طلاب، نماز اول ماه را به جاى مى‌آورد. در ماه رجب اعمال ام داوود را به جاى مى‌آورد. در سالى در وريج در خدمت ايشان‌

[1]- سوره الذاريات، آيه 16.