جامعيت آن برد و نشأت و تجرد آن از دو جهان نه ويژۀ شرق ارواح است و نه غرب اشباح و بلكه جامع دو طرف و بر تر از دو افق است تا بدان حد كه امداد و تنور آن دلها را بدان رساند كه بدون تعلم و آموزندگى و دريافت از راه علوم رسمى خود تلألؤ كرده حقايق را دريابد كه:

نگار من كه به مكتب نرفت و خط ننوشت
ز نكته مسأله آموز صد مدرس شد.

زجاجه را كنايت از وجود محمد پيامبر آخر الزمان دانسته است كه نور حق را بواسطۀ او توان ديد و شناخت و نه بلا واسطه و بنا بر اين مصباح كنايت از ذات احديت است كه همۀ ممكنات جهان وجود از نور مصباح بواسطۀ زجاجۀ محمدى در مشكات نبوت منور و روشن گردند و هر آن كس كه به مراتب قرب حق رسد و مدارج كمالات عرفانى را طى كند نور حق از مصباح وجود بر او تابش كند و غرض اصلى از عبادات تصفيه باطن و صافى شدن دلهاى بندگان است تا صيقلى شده مستعد دريافت نور از مصباح وجود شوند باواسطه و بيواسطه.

وى گويد:پارۀ از مفسران مشكاة را كنايت از صدر و زجاجه را كنايت از دل و مصباح را كنايت از روح دانسته‌اند صدرا گويد هر يك از سه را سه مرتبت است اول مرتبت ظهور و آنچه محسوس است براى حواس ظاهرى و آن صدر و قلب و روح حيوانى محسوس است و دوم آن روى آنها كه مدرك بحواس باطن است و نه ظاهر و سوم آن روى از آنها كه نه محسوس بحواس ظاهرى است و نه مدرك به ادراكات و حواس باطنى كه تنها عقل نظرى آنها را دريابد سپس شرح مفصلى در مورد هر يك داده‌اند و نتيجه گرفته‌اند كه اگر منظور ازين كلمات اينها باشد رجوع به حقيقت صدر و قلب و روح است و نه آنچه مدرك بادراكات ظاهرى و باطنى است و منظور از شجرۀ مباركه نه شجرۀ دنيوى است و نه اخروى و بلكه منظور نور ذات احديت است كه متجلى است به جهان ممكنات در طبقات و مراتب مختلف و آن نور حق است كه لاٰ شَرْقِيَّةٍ وَ لاٰ غَرْبِيَّةٍ است.

گذشته از آنچه گذشت ملا صدرا نكات ديگري را در اطراف آيه نور بيان كرده است كه ذكر همۀ آنها از لحاظ اطلاعاتى بسيار مفيد است و لكن بنظر اكثر محققان ارتباطى با تفسير آيه مزبور ندارد مثلا:

1-زيتونه كنايت از مواد لازم براى تربيت و تكامل انسان است از لحاظ مادى و معنوى، نفسى و عقلى،ظاهرى و باطنى و بنا بر اين شجره مباركه زيتونه هم منصرف است به شجرۀ مباركه معنويه و هم ظاهريه پس شجرۀ زيتونه بمنزلت گياهى است كه غذا و طعام لطيف براى انسان فراهم آرد انسانى كه در سير و سلوك و در راه تكامل است هم از لحاظ مادى و هم معنوى و روحى و بدين ترتيب همۀ كلمات مستعمل در آيه نور تاويل ميشود در جهت سير انسان بسوى كمال مادى و معنوى.

2-منظور از مشكات عالم اجسام است.

و از زجاجه عرش خداست و از مصباح روح اعظم است و شجره عبارت است از هيولاى كليه كه مادة المواد حقايق اجسام و صور جسميه است و صور مختلفۀ اجسام بمنزلت شاخه‌هاى آنست و يا شاخه‌ها و برگهاى آن بمزلت صورتهاى گوناگون است