پس از مرگ منوچهر خان برادرزاده او گرگين خان از طرف دولت تهران به جاى عموى خود به حكومت اصفهان منصوب شد.

وى براى تقرب به دولت و اطاعت از امر حاج ميرزا آقاسى صدر اعظم، باب را تحت الحفظ به تهران فرستاد و براى جلوگيرى از پيشامدهاى احتمالى، سيّد را از پشت دروازۀ تهران گذرانيده به آذربايجان بردند و نخست در قلعه ماكو (1363 ه‌) و سپس در اروميه در قلعه چهريق زندانى كردند (1264 ه‌) بعد از آن او را به تبريز آوردند و در حضور ناصر الدين ميرزا وليعهد، علماى آن شهر با او مناظره كردند و پس از چوب كارى، وى توبه نمود.

متن توبه‌نامه باب به نقل كتاب «باب و بهاء را بشناسيد» تأليف حاجى فتح اللّه مفتون يزدى، چاپ حيدرآباد، ص 288، كه نامه او به ناصر الدين ميرزا وليعهد است چنين مى‌باشد: فداك روحى الحمد للّه كما هو اهله و مستحقه كه ظهورات فضل و رحمت خود را در هر حال بر كافۀ عباد خود شامل گردانيده. بحمد اللّه ثم حمد اللّه كه مثل آن حضرت را ينبوع رأفت و رحمت خود فرمود كه به ظهور عطوفتش عفو از بندگانش و تستر بر مجرمان، و ترحم بر ياغيان فرموده اشهد اللّه من عنده كه اين بندۀ ضعيف را قصدى نيست كه خلاف رضاى خداوند عالم و اهل ولايت او باشد، اگر چه به نفسه وجودم ذنب صرف است ولى چون قلبم موقن به توحيد خداوند جلّ ذكره و نبوت رسول او و ولايت اهل ولايت اوست و لسانم مقرّ بر كل ما نزل من عند الله است، اميد رحمت او را دارم و مطلقا خلاف رضاى حق را نخواستم و اگر كلماتى كه خلاف رضاى او بوده از قلمم جارى شده غرضم عصيان نبوده و در هر حال مستغفر و تائبم حضرت او را، و اين بنده را مطلق علمى نيست كه منوط به ادعايى باشد استغفر اللّه ربى و اتوب اليه من ان ينسب الىّ امر، و بعضى مناجات و كلمات كه از لسانم جارى شده دليل بر هيچ امرى نيست و مدعى نيابت خاصّه حضرت حجت عليه السّلام را محض ادعاى مبطل است و اين بنده را چنين ادعايى نبوده و نه ادعايى ديگر، مستدعى از الطاف حضرت شاهنشاهى و آن حضرت چنان است كه اين دعاگو را به الطاف عنايات و بسط رأفت و رحمت خود را سرافراز فرمائيد و السلام.»

ظاهرا اين توبه‌نامه در كتابخانه مجلس سابق شوراى ملّى در ميدان بهارستان تهران مضبوط است.

پس از درگذشت محمد شاه قاجار شورشهايى به حمايت از باب پياپى در مازندران و زنجان روى داد. ميرزا تقى خان امير كبير صدر اعظم ناصر الدين دستور داد كه