قال ولده المحقّق صاحب المستند في بعض إجازاته: و ممّا أخبرني به قراءة و سماعا و إجازة والدي و أستادي، و من إليه في جميع العلوم العقليّة و النقليّة استنادي، كشّاف قواعد الإسلام، و حلاّل معاقد الأحكام، ترجمان الحكماء و المتألّهين، و لسان الفقهاء و المتكلّمين، الإمام الهمام، و البحر القمقام، اليم الزاخر، و السحاب الماطر، الراقي في نفائس الفنون إلى أعلى المراقي، مولانا محمد مهدي بن أبي ذر النيراقي مولدا، و الكاشاني مسكنا، و النجفي إلتجاء و مدفنا، قدّس اللّه سبحانه فسيح تربته، و أسكنه بحبوحة جنّته.. إلى آخره.

و قال السيد محمد شفيع الجابلقي في الروضة البهيّة في الإجازات عند ذكر الفاضل النيراقي صاحب المستند ما لفظه: و كان والده من أجلّة العلماء، جامعا للمعقول و المنقول. قرأ على العالم الكامل، علاّمة زمانه، المولى إسماعيل الخاجوئي في ثلاثين سنة على ما سمعت، و على سائر العلماء في المعقول و المنقول. و له يد طولى في الرياضي و الهندسة و الحساب و الهيئة، و كذا في العلوم الدينيّة سيّما المعاني و البيان، و كذا في التفسير.

و سمعت من بعض المعتمدين أنه كان في أيام التحصيل في نهاية الفقر و الفاقة، حتّى أنه في بعض الأوقات ليس له قدرة على تحصيل السراج، و يستضي‌ء بسراج بيت الخلاء للمدرسة و يطالع هناك. و كان كلّما جاء أحد يتنحنح لئلاّ يطّلع عليه أحد.

و سمعت أيضا كلّما يكتب إليه لا ينظر إليه لئلاّ تختل حواسّه، و يضعه تحت فراشه. و سمعت أن والده أبا ذر كان من العاملين للحكّام و من أخسّهم. و يقال بالفارسي «ياكار زاق» فصار مقتولا، كتب إليه أن والدك صار مقتولا، و على سجيّته لم يقرأ المكتوب.

و بعد اليأس منه كتبوا إلى أستاذه المتقدّم ذكره أن يعلم جنابه‌