و لما عين الأستاذ المراغى، شيخا للأزهر سنة 1928 و شاع الخبر في أسيوط، اتفق ان أصيب الشيخ الأحمدي بمرض شديد، أثار حوله الأقاويل، و لكنه شفي منه، و بعد قليل نقل شيخا لمعهد طنطا، في يوليو- 1927.

و في أكتوبر 1929 استقال الشيخ المراغى، و عين الشيخ الأحمدي، شيخا للأزهر.

و في 28 أبريل 1935 استقال من وظيفة المشيخة و عين الشيخ المراغى مكانه ... و يقول الدكتور عثمان أمين عنه من كلمة له:

«يرجع اهتمامي بالشيخ الظواهري إلى ما قرأته عنده لأحد المستشرقين، في النسخة الفرنسية لدائرة المعارف الإسلامية، تعريفا بكتاب له عنوانه «العلم و العلماء» نشر بطنطا سنة 1904، و قد أحببت أن أقتطف من مقال ذلك المستشرق ما ترجمته إلى العربية: «إن روح الإخلاص و الصفاء التي تظهر في هذا الكتاب لتعد نادرة حتى بيننا نحن المسيحيين، فما بالك بوجودها في الإسلام الذي دب فيه الجمود» و من العجب جدا في هذا الكتاب الجمع بين وجهة النظر الإسلامية و الإحساس بفائدة ما يأتي من مصادر أخرى. فالمؤلف يرى أنه يجب أن يأخذ المسلمون ليس عن أوروبا فحسب، بل عن الصين و اليابان ايضا. و يرى أن من بين المواد التي ينبغي دراستها الدعوة للإسلام، و يرغب المؤلف في عقد المؤتمرات السنوية لبناء فكرة الجامعة الإسلامية ثم يعين وسائل الثقافة التي تتطلبها لجان من العلماء، و اخراج دائرة معارف، و نشر التعليم الجامعي بين أفراد الأمة، كما قال إنه يجب تطهير الإسلام من الخزعبلات و العوائق التي تبهظه. و الكتاب على كل حال برهان ساطع على عقيدة الكاتب الراسخة و إيمانه بالمثل العليا».

أغراني هذا الوصف الذي قرأته في باريس بالبحث عن الكتاب في مصر. فلما قرأت الكتاب بنفسي انكشف لي منه أمران: أولهما ان مؤلفه‌