بدان رضايت داديم و خواستيم كه از طبيعيّات آغاز كند و او چنين كرد و نزديك بيست ورقه نوشت. سپس مشاغل سلطانى سبب انقطاع اين كار گرديد.

روزگار ضربات خود را وارد ساخت و آن سلطنت منقطع گرديد و او مصمّم شد كه در قلمرو آن دولت نماند و به آن خدمت برنگردد و انديشه‌اش بر اين استوار گشت كه راه احتياط و سبيل مطلوب او اينست كه پنهان بماند و فرصتى طلبد تا از آن ديار دور گردد و من اين خلوت و فراغت او را مغتنم‌شمرده و او را وادار به تمام كردن كتاب شفا كردم و او خود با جدّى وافر به تصنيف آن روى آورد و طبيعيّات و الهيّات را- به جز كتاب الحيوان و كتاب النّبات- در مدّت بيست روز به پايان رساند بدون اينكه به كتابى حاضر مراجعه كند و فقط بر طبع خود اعتماد كرده بود. او از منطق آغاز كرد و خطبه و آنچه را كه به آن مربوط بود، نوشت.

سپس اعيان آن دولت بر پنهانى او خشم گرفتند و عزلت و جدائى او را ناخوش داشتند و گمان بردند كه آهنگ مكيدت دارد و يا ميل بر دشمنى را در سر مى‌پروراند. برخى از خادمان خالص او كوشيدند او را در مهلكه‌اى بيفكنند تا از اموال او بر متاع دنيا دست يابند و جماعتى از شاگردان او- كه سابقه احسان او به آنان اگر به ياد مى‌آوردند بايد مانع از آزردن او مى‌شد- بدخواهان را بر محلّ اختفاى او آگاه ساختند و سپس او گرفتار شد و به قلعه فردجان محبوس گرديد و به مدّت چهار ماه در آنجا ماند تا آنكه اسباب آن ناحيه بر فيصله امر تقرّر يافت و منازعان آنجا را رها كردند و او آزاد گشت و در بازگشت به وزارت نامزد شد و او اعتذار جست و مهلت خواست سپس او را معذور داشتند. او در آنجا به منطق مشغول گشت و كتابهائى در اختيار او قرار گرفت و پا به پاى آن كتب و بر روشى كه قوم در آنها اتّخاذ كرده بودند آن را عرضه داشت و بر روشى سخن گفت كه اقوال آنان را مورد انكار قرار دهد، از اين روى منطق به طول انجاميد و در اصفهان پايان يافت.

و امّا رياضيّات را بر روش اختصار در زمان گذشته نوشته بود و سپس آن را به كتاب شفا افزود و كتاب الحيوان و النّبات را نيز تأليف كرد و از اين كتاب‌ها فارغ گشت و در بيشتر كتاب الحيوان از كتاب ارسطوطاليس فيلسوف پيروى كرد و