و أمّا تألیف الآیات ضمن کلّ سورة، علی الترتیب الموجود، فهذا قد تحقّق فی الأکثر الساحق .. وفق ترتیب نزولها: کانت السورة تبتدأ ببسم اللّه الرحمن الرحیم فتسجّل الآیات التی تنزل بعدها من نفس هذه السورة، واحدة تلو اخری تدریجیا حسب النزول، حتی تنزل بسملة اخری، فیعرف أنّ السورة قد انتهت و ابتدأت سورة اخری.
قال الإمام الصادق (علیه السلام): «کان یعرف انقضاء سورة بنزول بِسْمِ اللَّهِ الرَّحْمنِ الرَّحِیمِ* ابتداء لأخری» [1].
قال ابن عباس: «کان النبیّ (صلی اللّه علیه و آله و سلم) یعرف فصل سورة بنزول بِسْمِ اللَّهِ الرَّحْمنِ الرَّحِیمِ*، فیعرف أنّ السورة قد ختمت و ابتدأت سورة اخری» [2].
کان کتبة الوحی یعرفون بوجوب تسجیل الآیات ضمن السورة التی نزلت بسملتها، حسب ترتیب نزوله واحدة تلو اخری کما تنزل، من غیر حاجة الی تصریح خاصّ بشأن کلّ آیة آیة.
هکذا ترتّبت آیات السور وفق ترتیب نزولها، علی عهد الرسول الأعظم (صلی اللّه علیه و آله) و هذا ما نسمیه «الترتیب الطبیعی» و هو العامل الأوّل الأساس للترتیب الموجود بین الآیات فی الأکثریّة الغالبة، سوی ما شذّ علی خلاف هذا الترتیب.
و المعروف أنّ مصحف علی (علیه السلام) وضع علی دقّة کاملة من هذا