می‌دانیم که قبر حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام در نجف اشرف یک قبر معمولی نیست، بلکه امام علی علیه السلام در کنار حضرت آدم علیه السلام و نوح پیامبر علیه السلام آرمیده است.
و در زیارت حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام ابتداء به حضرت آدم علیه السلام و سپس حضرت نوح علیه السلام سلام عرض می‌کنیم:
السَّلامُ عَلَیکَ وَ عَلَی ضَجیعَیکَ آدَمَ وَ نُوحٍ علیهما السلام [1] .
(سلام بر تو ای امیر و رهبر مؤمنان و سلام بر آدم و نوح علیهما السلام که در دو طرف قبر شریفت آرمیده اند).
آنگاه که امام علی علیه السلام در بستر شهادت بود، چگونگی دفن و مدفن خود را اینگونه توضیح داد.
خطاب به فرزندانش امام حسن و امام حسین علیهما السلام فرمود:
وقتی مرا غسل دادید و کفن کردید و در تابوت نهادید، به قسمت جلوی تابوت کاری نداشته باشید،
شما قسمت عقب تابوت را بردارید که جلوی تابوت خود بلند شده، حرکت می‌کند،
هرجا که سَرِ تابوت فرود آمد، توقّف کنید که آنجا قبری آماده برای من وجود دارد،
در کنار قبر حضرت آدم علیه السلام و نوح علیه السلام مرا به خاک بسپارید.
امام حسن و امام حسین علیهما السلام پس از غسل وکفن، بدن خورشید ولایت را در تابوت گذاشتند، ناگاه دیدند که قسمت جلوی تابوت بلند شد، فوراً عقب تابوت را به دوش گرفتند و رفتند تا در سرزمین نجف که منطقه نیزاری بود، تابوت فرود آمد،
مقداری خاک‌ها را که کنار زدند، قبری آماده دیدند و پدر را در آن قبر دفن کردند.
محلّ دفن حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام بر همه پنهان بود و کسی نمی‌دانست که امام در کجا دفن شده است، جز اهل‌بیت علیهم السلام و جمعی از یاران نزدیک که به زیارت حضرت می‌رفتند. [2] .
تا دوران خلافت هارون، قبر امام علی علیه السلام مخفی بود.
روزی «هارون» در اطراف کوفه به شکار رفت و واقعه شگفت آوری را مشاهده کرد.
دید که شیر و پلنگ و آهو و گَوَزن و دیگر حیواناتِ ضِدُّ و نقیض به یک نیزاری پناه برده، در آنجا همه در کنار یکدیگر می‌آرمند،
در حالی که خارج از آن منطقه أمن، یگدیگر را می‌خورند و می‌درند،
و هر شکاری را که تعقیب می‌کنند، فوراً به همان نیزار پناه می‌برد تا در امان باشد.
هارون شگفت زده شد،
و بزرگان و پیرمردان کوفه را پنهانی احضار کرد و علّت آن را پرسید.
پاسخ دادند که:
در این منطقه «نجف» و در داخل نیزارها قبر حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام قرار دارد،
و چون ما اجازه نداشتیم آن را افشاء کنیم، اکثر مردم از این حقیقت با خبر نیستند.
از آن پس «قبر پنهان» حضرت امیرالمؤمنین علیه السلام آشکار شد،
و شیعیان توانستند ساختمان زیبا و گنبد و بارگاهی بر آن بنا کنند که زیارتگاه عموم شیعیان گردد. [3] .