پس از خاتمه نبرد نهروان، امام علیه السلام دستور داد مجروحین خوارج را از میان کشته شدگان جدا کنند و به خانواده‌شان تحویل دهند، زیرا کشتن مجروح را سزاوار نمی‌دانست پس آنها را به وابستگانشان تحویل دادند.
امام نسبت به دسته دیگری از مجروحان از آنها تعهّد گرفت و فرمود:
آنها را با خود ببرید و طبابت نمائید بعد از بهبودی در کوفه پیش من برگردانید. [1] .
یاران امیرالمؤمنین علیه السلام از او پرسیدند:
آیا براستی خداوند نسل خوارج را تا آخر دهر قطع نمود؟
امام علیه السلام فرمود:
کَلاّ وَاللَّهِ اِنَّهُم نُطَفٌ فی اَصلاب الْرجالِ وَ قَراراتِ النِّساءِ کُلَّما نَجَمَ قَرْنٌ قُطِعَ حَتّی یکُونَ آخِرُهُمْ لُصُوصاً سَلاّبینَ [2] .
«سوگند به خدا چنین نیست، آنان نطفه‌هائی هستند در پشت مردان و رَحِمِ زنان، هر زمان از آنها شاخی بلند گردد شکسته خواهد شد تا اینکه سرانجام دزد و راهزن می‌شوند.»
فیض الاسلام در شرح خود می‌نویسد:
آن نه نفری که از خوارج فرار کردند و به شهرها پراکنده شدند، هر کدام مذهبی اختیار نموده و آنرا ترویج کردند، و سرانجام در راه‌ها به دزدی و راهزنی مشغول شدند. [3] .
پس از فراغت از امور جنگ، امام علیه السلام دستور داد تا تمام غنائم جنگی را جمع آوری کردند.
کلّیه ادوات جنگی و مرکبهای دشمن را در میان نظامیان اسلام تقسیم کردند.
ولی زنان و کنیزان و غلامان دستگیر شده را با اموال دیگر خوارج به وارثان و صاحبان آنها رساندند. [4] .
آنگاه امام علیه السلام خطاب به کشته‌های خوارج فرمود:
بُؤْساً لَکُمْ، لَقَدْ ضَرَّکُمْ مَنْ غَرَّکُمْ.
فقیل له: مَنْ غَرَّهُمْ یا أَمِیرَ المؤْمنین؟
فقال: الشَّیطَانُ الْمُضِلُّ، وَالْأَنْفُسُ الْأَمَّارَةُ بِالسُّوءِ، غَرَّتْهُمْ بِالْأَمَانِی، وَفَسَحَتْ لَهُمْ بِالْمَعَاصِی، وَوَعَدَتْهُمُ الْإِظْهَارَ، فَاقْتَحَمَتْ بِهِمُ النَّارَ.
بدا به حال شما! آن که شما را فریب داد به شما زیان رساند
(پرسیدند چه کسی آنان را فریفت؟ ای امیرالمؤمنین‌علیه السلام، فرمود:)
شیطان گمراه کننده، و نفسی که به بدی فرمان می‌دهد، آنان را با آرزوها مغرور ساخت، و راه گناه را بر ایشان آماده کرد، و به آنان وعده پیروزی داد، و سرانجام به آتش جهنّم گرفتارشان نمود.
سئوال کردند یا امیرالمؤمنین چه کسی آنها را فریب داده.
فرمود:
شیطان و نفس بدکردارشان که آنها را با آرزوهای باطل فریب داده و به ورطه هلاکت انداخت. [5] .
و آنگاه رهنمود داد و فرمود:
لا تَقْتُلُوا الْخَوارِجَ بَعْدی فَلَیسَ مَنْ طَلَبَ الْحَقَّ فَاَحْطَائَهُ کَمَنْ طَلَبَ الْباطِلَ فَاَدْرَکَهُ.
«بعد از من با خوارج جنگ نکنید زیرا کسی که در پی حق برود و اشتباه کند مانند کسی نیست که باط را بخواهد و به آن برسد»
یعنی خوارج طالب حق بودند ولی اشتباه کردند و روی زمین فساد به راه انداخته و مردان و زنان بی گناه را کشتند.
اگر به چنین خیانت‌هائی دست نمی‌زدند شاید مستحق چنین هلاکتی نمی‌شدند برخلاف معاویه و پیروانش که هدف عمده آنها باطل و گمراهی بود و کشتن آنها بر همه مسلمانان واجب بود. [6] .