درباره علت ملقب شدن، سید مرتضی به علم الهدی مرحوم محدّث قمی (رضوان اللّه تعالی علی(ع)هما) در منتهی الا مال آورده است که شیخ اجل شهید در رساله چهل حدیث و غیره بیان نموده‌اند: محمد بن حسین وزیر قادر عباسی در سال چهار صد و بیست به سختی بیمار شد و بیماری او بطول انجامید تا آنکه بعد از توسلات شبی در خواب خدمت و محضر مقدس آقا امیرالمؤمنین علی(ع)مشرف می‌شود و از بیماری خود به حضرت شکایت می‌نماید حضرت علی(ع)به او می‌فرمایند: به علم الهدی بگو که برای تو دعایی بخواند تا شفا یابی.
می‌گوید: عرض کردم: ای مولای من علم الهدی کیست؟ آقا علی(ع)فرمودند: علی(ع) ابن‌حسین موسوی (سید مرتضی) است.
وزیر نامه‌ای به سید نوشت و در آن نامه تقاضای دعا نموده بود و در ضمن سید را به لقب علم الهدی مخاطب قرار داد. وقتی سید نامه را خواند. خود را لایق آن لقب نمی‌دانست (شکست نفس بود) در جواب وزیر نوشت (الله الله فی امری فانّ قبولی لهذا اللّقب شناعة علی(ع)) فرمود قبول کردن این لقب برای من عیب است و من سزاوار این لقب نیستم.
وزیر به عرض رسانید واللّه من از خود نگفته‌ام بلکه، امیرالمؤمنین علی(ع)این لقب را برای شما ذکر کرده است. بعد از آنکه وزیر به دعای سید شفا یافت، صورت قضیه را به قادر عباسی عرض کرد و قبول نکردن سید را هم یاد آور شد.
قادر به سید عرضکرد: آنچه را که جدّت ترا به آن ملقب ساخته است قبول کن و حکم کرد که منشیان آن را در القاب سید داخل سازند و از آن پس به لقب علم الهدی مشهور گردید.
گر سرّ ذات خویش هویدا کند علی(ع)
اثبات ذات خالق یکتا کند علی(ع)
حق با علی(ع) است بلکه علی(ع) خویشتن حقست
از حق بغیر حق چه تمنّی کند علی(ع)
از ذات او مشیت حق پرده در شود
از روی کار پرده اگر وا کند علی(ع)
در پرده حجاب ز اسرار سرّ غیب
بهر رسول حلّ معمّا کند علی(ع)
منبع : کرامات العلویه، علی(ع) میر خلف زاده، نشر مهدی یار