وكرسي كان يجلس عليه للكلام، واخرج إلى الكرخ وأضيف اليه ثلاث سناجيق بيض كان الزوار من اهل الكرخ قديما يحملونها معهم إذا قصدوا زيارة الكوفة فأحرق الجميع الخ.
ولما رأى الشيخ الخطر محدقا به هاجر بنفسه إلى النجف الأشرف لائذا بجوار أمير المؤمنين ع وصيرها مركزا للعلم وجامعة كبرى للشيعة الإمامية ، وأخذت تشد إليها الرحال وتعلق بها الآمال، وأصبحت مهبط رجال العلم ومهوى أفئدتهم.
تلك هي جامعة النجف العظمى التي شيد المترجم ركنها الأساسي ووضع حجرها الأول، وقد تخرج منها خلال هذه القرون المتطاولة آلاف مؤلفة من أساطين الدين وأعاظم الفقهاء، وكبار الفلاسفة ونوابغ المتكلمين، وأفاضل المفسرين واجلاء اللغويين، وغيرهم ممن خبروا العلوم الاسلامية بأنواعها وبرعوا فيها أيما براعة، وليس أدل على ذلك من آثارهم المهمة التي هي في طليعة التراث الاسلامي.
وقد استدل بعض الكتاب المحدثين على وجود الجامعة العلمية في النجف قبل هجرة المترجم إليها، وذلك اعتمادا على استجازة الشيخ أبي العباس النجاشي من الشيخ أبي عبد الله الخمري فقد قال في كتاب رجاله المطبوع ص 50 عن كتاب عمل السلطان للبوشنجي ما لفظه:
أجازنا بروايته أبو عبد الله الخمري الشيخ الصالح في مشهد مولانا أمير المؤمنين ع سنة أربعمائة.
وهذا لا يكفي للتدليل فالنجف مشهد يقصد للزيارة فربما تلاقيا في النجف زائرين فحصلت الاستجازة كما هو الحال في المحقق الحلي صاحب الشرايع فقد أجاز البعض في النجف أيام ازدهار العلم في الحلة وفتوره في النجف، فهل يمكن عد المحقق من سكنة النجف وقال الشيخ محمد رضا المظفر:
ومما يشيد بمركز المترجم الديني الاجتماعي انه هو المؤسس لجامعة النجف ومركزها الديني، فان الذي يبدو ان النجف قبل أن ينتقل إليها لم تكن الا مزارا ومدفنا وحول القبر جماعة من المجاورين لا عمل لهم الا خدمة الزوار والقاصدين، وهي يومئذ قرية في طرف ناء عن العمران والبلاد المأهولة والكوفة التي هي أقرب بلدة إليها كان قد شملها الخراب ودكت صروحها.
ولم يصل الينا تاريخيا سعة رقعة النجف يومئذ وعلى اي مورد كان يعتاش أهلها، وكيف كان يتم ارواؤها وهو أهم مشاكل النجف من القديم. ولكن لا شك ان البلاد القريبة منها كالحلة والعشائر الفراتية القريبة كانت تمدها بالمعونة فيما تحتاج.
أضف إلى أن الشيخ لما القى عصا الترحال فيها وهو زعيم الشيعة الأول يومئذ لا بد ان تصير مقصدا لجميع المسلمين الشيعة ومرجعا لحقوقهم المالية من جميع أقطار الأرض.
ويظهر ان الزعامة الدينية استقرت في النجف قبل أن تنتقل إلى الحلة مدة قرن على الأقل واستمرت في بيته بالذات، فان ولده أبا علي الحسن الملقب بالمفيد الثاني كان من أفذاذ العلماء وصار مرجعا للشيعة وكان قد اجازه والده سنة 455 اي قبل وفاة والده بخمس سنين وبقي في النجف مرجعا إلى أن توفي وإن لم نتحقق سنة وفاته ولا مدفنه.
وكذلك حفيده أبو الحسن محمد بن الحسن بن محمد أيضا بقي في النجف وصار مرجعا للشيعة إلى أن توفي سنة 540 وهذا الشيخ محمد ليس له ذكر في تاريخنا وهو من العجيب ولكن قد ذكره أبو فلاح عبد الحي بن عماد الحنفي المتوفى 1089 في كتابه شذور الذهب فإنه قال عنه ج 4 ص 126 بهذا النص: وفيها اي في سنة 540 توفي أبو الحسن محمد ابن أبي علي الحسن بن أبي جعفر الطوسي شيخ الشيعة وعالمهم وابن شيخهم وعالمهم رحلت اليه طوائف الشيعة من كل جانب إلى العراق وحملوا اليه الأموال. وكان ورعا عالما كثير الزهد وأثنى عليه السمعاني. وقال العماد للطبري: لو جازت على غير الأنبياء صلاة صليت عليه.
مكانته العلمية مضت على علماء الشيعة سنون متطاولة وأجيال متعاقبة ولم يكن من الهين على أحد منهم ان يعدو نظريات شيخ الطائفة في الفتاوى، وكانوا يعدون أحاديثه أصلا مسلما، ويكتفون بها، ويعدون التاليف في قبالها وإصدار الفتوى مع وجودها تجاسرا على الشيخ وإهانة له، واستمرت الحال على ذلك حتى عصر الشيخ ابن إدريس فكان يسميهم بالمقلدة، وهو أول من خالف بعض آراء الشيخ وفتاواه وفتح باب الرد على نظرياته، ومع ذلك فقد بقوا على تلك الحال حتى أن المحقق وابن أخته العلامة الحلي ومن عاصرهما بقوا لا يعدون رأي شيخ الطائفة.
نعم لما ألف المحقق الحلي شرايع الاسلام استعاضوا به عن مؤلفات شيخ الطائفة، وأصبح من كتبهم الدراسية، بعد أن كان كتاب النهاية هو المحور وكان بحثهم وتدريسهم وشروحهم غالبا فيه وعليه آه. ويقول الشيخ محمد رضا المظفر: ومما يلفت النظر عن مقامه العلمي ان كل من جاء بعده من العلماء إلى مدة قرن كاد ان يكون مقلدا له في آرائه لا يتخطى قوله ولا يحيد عن رأيه حتى كاد يخشى ان ينسد باب الاجتهاد عند الشيعة.
مشايخه في رجال بحر العلوم: يروي عن المفيد والحسين بن عبيد الله وأحمد بن عبدون وابن أبي جيد ومداره في كتابي الاخبار ومشيخة الكتابين على هؤلاء المشائخ الأربعة وزاد في الفهرست الرواية عن أحمد بن محمد بن موسى بن الصلت الأهوازي وهو طريقه إلى ابن عقدة وروى عن أبي القاسم علي بن شبل بن أسد في ترجمة إبراهيم بن إسحاق الأحمري واختص فيه بالرواية عن السيد الاجل المرتضى عنه في إبراهيم بن محمد بن سعيد الثقفي ومحمد بن يعقوب الكليني وعن الشريف أبي محمد الحسن بن القاسم المحمدي في إسماعيل بن علي الخزاعي ومحمد بن أحمد بن عبد الله بن قضاعة الصفواني ومحمد بن علي بن الفضل وبالرواية عن أحمد بن إبراهيم القزويني والحسين بن إبراهيم وجعفر بن الحسين بن حسكة القمي ومحمد بن سليمان الحراني وأبي طالب بن عزور وروى عنهم في ترجمة أبي عمرو ابن