وفاته روى الصدوق في عيون الاخبار عن الطالقاني عن محمد بن يحيى الصولي عن أبي العباس أحمد بن عبد الله عن علي بن محمد بن سليمان النوفلي عن صالح بن علي بن عطية قال: كان السبب في وقوع موسى بن جعفر ع إلى بغداد ان هارون الرشيد أراد ان يعقد الامر لابنه محمد بن زبيدة وكان له من البنين أربعة عشر ابنا فاختار منهم ثلاثة محمد بن زبيدة وجعله ولي عهده وعبد الله المأمون وجعل الامر له بعد ابن زبيدة والقاسم المؤتمن وجعل الامر له بعد المأمون، فأراد ان يحكم الامر في ذلك ويشهره شهرة يقف عليها الخاص والعام فحج في سنة تسع وسبعين ومائة وكتب إلى جميع الآفاق يأمر الفقهاء والعلماء والقراء والامراء ان يحضروا مكة أيام الموسم فاخذ هو طريق المدينة، قال علي بن محمد النوفلي:
فحدثني أبي انه كان سبب سعاية يحيى بن خالد بموسى بن جعفر ع وضع الرشيد ابنه محمد بن زبيدة في حجر جعفر بن محمد بن الأشعث فساء ذلك يحيى وقال إذا مات الرشيد وأفضى الامر إلى محمد انقضت دولتي ودولة ولدي وتحول الامر إلى جعفر بن محمد بن الأشعث وولده، وكان قد عرف مذهب جعفر في التشيع، فاظهر له انه على مذهبه فسر به جعفر وأفضى إليه بجميع أموره وذكر له ما هو عليه في موسى بن جعفر ع فلما وقف على مذهبه سعى به إلى الرشيد فكان الرشيد يرعى له موضعه وموضع أبيه من نصرة الخلافة فكان يقدم في امره ويؤخر ويحيى لا يألو ان يحطب عليه إلى أن دخل جعفر يوما إلى الرشيد فاظهر له إكراما وجرى بينهما كلام مت به جعفر بحرمته وحرمة أبيه فامر له الرشيد في ذلك اليوم بعشرين ألف دينار فامسك يحيى عن أن يقول فيه شيئا حتى أمسى ثم قال للرشيد يا أمير المؤمنين قد كنت أخبرك عن جعفر ومذهبه فتكذب عنه وهاهنا أمر فيه الفيصل، قال: وما هو؟ قال إنه لا يصل إليه مال من جهة من الجهات الا أخرج خمسه فوجه به إلى موسى بن جعفر ولست أشك انه قد فعل ذلك في العشرين الألف الدينار التي امرت بها له، فقال هارون: ان في هذا لفيصلا، فأرسل إلى جعفر ليلا وقد كان عرق سعاية يحيى به فتباينا وأظهر كل واحد منهما لصاحبه العداوة، فلما طرق جعفرا رسول الرشيد بالليل خشي ان يكون قد سمع فيه قول يحيى وانه انما دعاه ليقتله فأفاض عليه ماء ودعا بمسك وكافور فتحنط بهما ولبس بردة فوق ثيابه واقبل إلى الرشيد فلما وقعت عليه عينه واشتم رائحة الكافور ورأى البردة عليه قال يا جعفر ما هذا؟ فقال يا أمير المؤمنين قد علمت أنه قد سعي بي عندك فلما جاءني رسولك في هذه الساعة لم آمن ان يكون قد قح في قلبك ما يقال علي فأرسلت إلي لتقتلني، فقال كلا ولكن قد خبرت انك تبعث إلى موسى بن جعفر من كل ما يصير إليك بخمسه وانك قد فعلت ذلك في العشرين الألف الدينار فأحببت ان اعلم ذلك، فقال جعفر: الله أكبر يا أمير المؤمنين تأمر بعض خدمك يذهب فيأتيك بها بخواتيمها، فقال الرشيد لخادم له خذ خاتم جعفر وانطلق به حتى تأتيني بهذا المال وسمى له جعفر جاريته التي عندها المال فدفعت إليه البدر بخواتيمها فاتى بها الرشيد فقال له جعفر هذا أول ما تعرف به كذب من سعى بي إليك قال صدقت جعفر فقال ليحيى بن أبي مريم أ لا تدلني على رجل من آل أبي طالب له رغبة في الدنيا فاوسع له منها قال بلى أدلك على رجل بهذه الصفة وهو علي بن إسماعيل بن جعفر بن محمد فأرسل إليه يحيى فقال اخبرني عن عمك وعن شيعته والمال الذي يحمل إليه فقال له عندي الخبر وسعى بعمه. أقول أراد يحيى ببحثه عن طالبي له رغبة في الدنيا ان يتوصل بواسطته إلى معرفة شيعة موسى بن جعفر والمال الذي يحمل إليه ليعرف ان جعفر بن محمد بن الأشعث منهم وانه يحمل المال إلى الكاظم ع فيشي به إلى الرشيد فيقتله فتسبب من ذلك الوشاية بالكاظم ع وقتله، وكان يحيى يخاف من انتقال الخلافة إلى الأمين وتقدم جعفر بن محمد بن الأشعث عنده لأنه كان في حجره يتولى تربيته وتثقيفه فتزول دولة البرامكة ولم يعلم يحيى ان الله بالمرصاد لكل باع وان من حفر لأخيه بئرا أوقعه الله فيها وان من سل سيف البغي قتل به فزالت دولته ودولة ولده في حياة الرشيد قبل انتقال الامر إلى الأمين وقتله الرشيد وولده شر قتلة واقتص للامام الكاظم ع منهم في الدنيا ولعذاب الآخرة أشد وأخزى وفي رواية أن الذي وشى به هو ابن أخيه محمد بن إسماعيل بن جعفر، قال ابن شهرآشوب في المناقب: كان محمد بن إسماعيل بن الصادق ع عند عمه موسى الكاظم ع يكتب له الكتب إلى شيعته في الآفاق فلما ورد الرشيد الحجاز سعى بعمه إلى الرشيد فقال: أ ما علمت أن في الأرض خليفتين يجبى إليهما الخراج؟ فقال الرشيد ويلك انا ومن؟ قال موسى بن جعفر وأظهر اسراره فقبض عليه وحظي محمد عند الرشيد ودعا عليه موسى الكاظم بدعاء استجابه الله فيه وفي أولاده. وروى الكشي بسنده عن علي بن جعفر بن محمد ع قال: جاءني محمد بن إسماعيل بن جعفر يسألني ان أسال أبا الحسن موسى ع ان يأذن له في الخروج إلى العراق وان يرضى عنه ويوصيه بوصيته قال فتنحيت حتى دخل المتوضأ وخرج وهو وقت كان يتهيأ لي ان اخلو به وأكلمه قال فلما خرج قلت له ان ابن أخيك محمد بن إسماعيل يسألك ان تأذن له في الخروج إلى العراق وان توصيه فاذن له ع فلما رجع إلى مجلسه قام محمد بن إسماعيل وقال يا عم أحب ان توصيني فقال أوصيك ان تتقي الله في دمي، فقال لعن الله من يسعى في دمك ثم قال يا عم أوصني فقال أوصيك ان تتقي الله في دمي، قال ثم ناوله أبو الحسن ع صرة فيها مائة وخمسون دينارا فقبضها محمد ثم ناوله أخرى فيها مائة وخمسون دينارا فقبضها ثم أعطاه صرة أخرى فيها مائة وخمسون دينارا فقبضها ثم أمر له بألف وخمسمائة درهم كانت عنده فقلت له في ذلك واستكثرته فقال هذا ليكون أوكد لحجتي إذا قطعني ووصلته قال فخرج إلى العراق فلما ورد حضرة هارون أتى باب هارون بثياب طريقه قبل ان ينزل واستاذن على هارون وقال للحاجب قل لأمير المؤمنين ان محمد بن إسماعيل بن جعفر بن محمد بالباب فقال الحاجب انزل أولا وغير ثياب طريقك وعد لأدخلك إليه بغير إذن فقد نام أمير المؤمنين في هذا الوقت فقال أعلم أمير المؤمنين أني حضرت ولم تأذن لي فدخل الحاجب وأعلم هارون قول محمد بن إسماعيل فامر بدخوله فدخل قال يا أمير المؤمنين خليفتان في الأرض موسى بن جعفر بالمدينة يجبى له الخراج وأنت بالعراق يجبى لك الخراج فقال والله فقال والله قال فامر له بمائة ألف درهم فلما قبضها وحملت إلى منزله أخذته الذبحة في جوف ليلته فمات وحول من الغد المال الذي حمل إليه إلى الرشيد.
وفي بعض الروايات ان الذي وشى بالكاظم ع هو اخوه محمد بن جعفر، روى الصدوق في العيون بسنده ان محمد بن جعفر دخل على هارون الرشيد فسلم عليه بالخلافة ثم قال له ما ظننت ان في الأرض خليفتين حتى رأيت أخي موسى بن جعفر يسلم عليه بالخلافة قال وكان ممن سعى بموسى بن جعفر ع يعقوب بن داود اه ويمكن ان يكون كل منهم قد سعى به ع.
وفي كشف الغمة: قيل سعى به جماعة من أهل بيته منهم: محمد بن جعفر بن محمد اخوه ومحمد بن إسماعيل بن جعفر ابن أخيه اه.