الأستاذ الامام المؤسس شيخ مشايخ الامامية قرأ أوائل امره على عمه الشيخ حسين من وجوه علماء تلك البلدة ثم خرج مع والده إلى زيارة مشاهد العراق وهو في العشرين من عمره فورد كربلاء وكانت الأستاذية والرياسة العلمية فيها لكل من السيد محمد المجاهد وشريف العلماء فرغب الأول إلى والده ان يتركه في كربلاء للتحصيل على اثر مذكراته وظهور قابليته فبقي آخذا عن الأستاذين المشار إليهما أربع سنوات إلى أن حوصرت كربلاء بجنود داود باشا فتركها العلماء والطلاب وبعض المجاورين وهو في الجملة إلى مشهد الكاظميين ع وعاد منها إلى وطنه حيث امضى زهاء سنتين لا يكاد يقر له قرار حرصا على نيل حاجته وارواء غليله من العلم فإنه كان عازما على الطواف في البلاد للقاء العلماء والأئمة لعل أحدهم يحقق قصده إذ قلما أعجبه من اختاره أو ملأ عينيه أحد فعاد وأقام فيها سنة يختلف إلى شريف العلماء ثم خرج إلى النجف فاخذ عن الشيخ موسى الجعفري سنتين إلى أن خرج عنه عازما على زيادة مشهد خراسان مارا في طريقه على كاشان حيث فاز بلقاء أستاذه النراقي صاحب المناهج مما دعاه إلى الإقامة فيها نحو ثلاث سنين مضطلعا بالدرس والتآليف حتى كان النراقي لا يمل من مذكراته ومباحثته وحكى عنه أنه قال لقيت خمسين مجتهدا لم يكن أحدهم مثل الشيخ مرتضى ثم خرج إلى خراسان حيث أقام عدة شهور ثم عاد إلى بلاده مارا بأصفهان أيام رياسة صاحبي المطالع والإشارات وأصر الأول عليه بالإقامة فامتنع وخرج إلى وطنه دزفول فوردها سنة 1244 فأقام خمس سنوات ثم خرج إلى العراق وورد النجف سنة 1249 أيام رياسة الشيخ علي ابن الشيخ جعفر وصاحب الجواهر والأول أوجههما فاختلف إلى مدرسته عدة أشهر ثم انفرد واستقل بالتدريس والتآليف واختلف إليه الطلاب ووضع أساس علم الأصول الحديث عند الشيعة وطريقته الشهيرة المعروفة إلى أن انتهت إليه رياسة الإمامية العامة في شرق الأرض وغربها بعد وفاة الشيخين السابقين وصار على كتبه ودراستها معول أهل العلم لم يبق أحد لم يستفد منها واليها يعود الفضل في تكوين النهضة العلمية الأخيرة في النجف الأشرف وكان يملي دروسه في الفقه والأصول صباح كل يوم وأصيله في الجامع الهندي حيث يغص فضاؤه بما ينيف على الأربعمائة من العلماء الطلاب وقد تخرج به أكثر الفحول من بعده مثل الميرزا الشيرازي والميرزا حبيب الله الرشتي والسيد حسين الترك والشرابياني والمامقاني والميرزا أبو القاسم الكلانتري صاحب الهداية وانتشرت تلاميذه وذاعت آثاره في الآفاق وكان من الحفاظ جمع بين قوة الذاكرة وقوة الفكر والذهن وجودة الرأي حاضر الجواب لا يعيبه حل مشكلة ولا جواب مسالة وعاش مع ذلك عيشة الفقراء المعدمين متهالكا في انفاق كل ما يجلب إليه على المحاويج من الامامية في السر خصوصا غير مريد للظهور والمباهاة بجميع ذلك حتى لم يبق لوارثه ما له ذكر قط. وكان طويلا صبيح الوجه على ما فيه من اثر الجدري يخضب بالحناء ضعيف البصر لم يعقب بنتين توفيتا بعده بيسير وأقيمت له المآتم في ديار الامامية كلها ورثي بالعربية والفارسية. وفي نظم اللآل: انتهت إليه رئاسة الإمامية بعد مشائخنا الماضين وهو بها حقيق إذ لا يباريه أحد في التقى وكثرة الصلاة والصلات والعلم أصولا وفروعا والعمل وحسن الأخلاق له كتب في الأصول والفقه لا يسع الواقف عليها وعلى ما فيها من الدقائق العجيبة والتحقيقات الغربية مع لزوم الجادة المستقيمة والسليقة المعتدلة لا الالتزام لما يرى بالموافقة والتسليم حتى يرى المجتهد الناظر في ذلك نفسه كالمقلد وذلك أقل شئ يقال في حقه فقد اشتهر امره في الآفاق وذكره على المنابر على وضع لم يتفق قبله لغيره وكان مرجعا للشيعة قاطبة في دينهم ودنياهم جزاه الله عنا وعن المسلمين خير الجزاء وادام ظله عليهم اه.
كان إذا سافر للزيارة يعادله في المحمل خادمه الشيخ رحمة الله وتحت كل منهما لحاف بطانته من الكرباس الأخضر بلا ظهاره ومعهما قدر صغير موضوع في وسط المحمل لطبخ غذائهما وعرضت عليه فلوس الهند المعروفة فابى ان يقبلها وهي أموال عظيمة موضوعة في بنك الإنكليز أصلها من مال امرأة هندية يصرف ربعها في كربلاء والنجف برأي المجتهدين ويقال ان قنصل الإنكليز طلب منه ان يقتطع من ريعها شيئا ويعطيه وصولا بالتمام فابى فسلمت لغيره ممن قبل بذلك.
إما مؤلفاته فمحتاجة إلى التهذيب والتنقيح كثيرا خصوصا رسائله التي عليها مدار تدريس الأصول ففيها من الايجاز في مكان مع لزوم التطويل ومن التطويل في آخر كمثل دليل الانسداد مع لزوم الايجاز، وما قيل إنه كان لا يحب اخراج شئ الا بعد إعادة النظر والتنقيح فهو كذلك ولكن متى يتسع الوقت لهذا المحبوب مع أن مطالبه أكثرها مبتكرات وهذا أمر لا يستغنى فيه عن المساعدة أو تهذيب المتأخر لما صنفه المتقدم والمساعدة لم يتعود علماء الإمامية عليها فمن فيه القابلية لا يشتغل بمساعدة غيره بل يريد ان يعمل لنفسه وغير القابل لا يمكنه المساعدة والفرد يقصر عمره عن الابتكار والتهذيب وكذلك تهذيب المتأخر عمل المتقدم ليس مألوفا في علمائنا للعلة السابقة ولان الكتاب يأخذ حظا من شهرة مؤلفة ورجوع الناس عنه إلى تهذيبه أمر صعب.
ولقد اكتسبت مصنفاته حظا عظيما فرسائله ومكاسبه مضافا إلى أن عليها مدار التدريس شذ من لم يعلق عليها من مشاهير العلماء بعده فممن علق على الرسائل ميرزا موسى التبريزي والميرزا حسن الآشتياني والشيخ حسن المامقاني والشيخ ملا كاظم الخراساني والشيخ آغا رضا الهمداني وكل حواشيهم مشهورة مطبوعة وممن علق على المكاسب السيد كاظم اليزدي والشيخ آغا رضا.
يروي عن أستاذه النراقي وأبيه ملا مهدي عن الشيخ يوسف البحراني عن المولى محمد رفيع الجيلاني عن المجلسي عن مشائخه.
تصانيفه كان لا يحب اخراج شئ الا بعد التنقيح وإعادة النظر مرارا هذا مضافا إلى ضعف بصره مما جعل كثيرا من آثاره في الفقه غير مرتبة. صنف المكاسب وهو عند بعض تلاميذه أحسن ما صنف راجع غاية الآمال للمامقاني، كتاب الطهارة ويعرف بطهارة الشيخ من كتب القراءة كاكثر كتبه، كتاب الصوم والزكاة والخمس على جهة البسط والتحقيق، رسائله الخمس المشهورة التي عليها معول الأصوليين من الامامية في كل مكان 1 رسالة حجية الظن 2 أصل البراءة 3 الاستصحاب 4 التعادل والتراجيح 5 رسالة الاجماع وقد طبعت مرارا في مجموع سمي الفرائد وله أيضا رسالة في الرضاع، رسالة في التقية، رسالة في العدالة،