آن دو مسئله «حكومت اسلامى و مرجعيت علمى» بود كه شيعه آن را حق اختصاصى اهل بيت مى‌دانستند.

شيعه مى‌گفتند: خلافت اسلامى كه البته ولايت باطنى و پيشوائى معنوى لازم لاينفك آن است از آن على و اولاد على عليه السلام است كه به موجب تصريح خود پيغمبر اكرم صلى الله عليه و آله و ساير ائمه اهل بيت، دوازده تن مى‌باشند و مى‌گفتند: تعليمات ظاهرى قرآن كه احكام و قوانين شريعت مى‌باشند و در عين حال كه به حيات معنوى كامل نيز مشتملند داراى اصالت و اعتبارند و تا قيامت فسخ بردار نيستند و اين احكام و قوانين را از راه اهل بيت بايد به‌دست آورد و بس. و از اين‌جا روشن مى‌شود كه:

فرق كلى ميان شيعه دوازده امامى و شيعه زيدى اين است كه شيعه زيدى غالبا امامت را مختص به اهل بيت نمى‌داند و عدد ائمه را به دوازده منحصر نمى‌بيند و از فقه اهل بيت پيروى نمى‌كند؛ برخلاف شيعه دوازده امامى. و تفاوت كلى ميان شيعه دوازده امامى و شيعه اسماعيلى نيز اين است كه اسماعيليه معتقدند كه امامت به دور «هفت» گردش مى‌كند و نوبت در حضرت محمد صلى الله عليه و آله ختم نشده است و تغيير و تبديل در احكام شريعت بلكه ارتفاع اصل تكليف خاصه به قول باطنيه مانع ندارد برخلاف شيعه دوازده امامى كه حضرت محمد صلى الله عليه و آله را خاتم الانبياء مى‌دانند و براى وى دوازده وصى و جانشين قائلند و ظاهر شريعت را معتبر غير قابل نسخ مى‌بيند و براى قرآن كريم هم ظاهر و هم باطن اثبات مى‌كنند.

خاتمه فصل: دو طايفه شيخيه و كريمخانيه كه در دو قرن اخير در ميان شيعه دوازده امامى پيدا شده‌اند نظر به اين‌كه اختلافشان با ديگران در توجيه پاره‌اى از مسائل نظرى است نه در اثبات و نفى اصل مسائل، جدايى ايشان را انشعاب نشمرديم.

و هم‌چنين فرقه «على اللهى» از شيعه 12 امامى كه غلات نيز ناميده مى‌شوند و مانند باطنيه شيعه اسماعيلى تنها به باطن قائلند از اين روى كه هيچ‌گونه منطق منظمى ندارند به حساب نياورديم.