باطنى نيز قايل بودند؛ مثلاً معتقد بودند نماز باطنى دارد كه عبارت از روى آوردن به مصر و الموت (دو منطقه مهم اسماعيليه) و خدمت رهبر و پيشوا كردن است و روزه باطنى دارد كه آن نگهداشتن سرّ معلم است . اسماعيليه معتقد بودند كه اگر كسى به باطن امور اهتمام داشته باشد ترك كردن ظواهر مانعى ندارد. [1]
فرقه اسماعيليه ابتدا در مصر قدرت يافت و اسماعيليه مصر سلسله فاطميون مصر را بنيان گذارى كردند . پس از آن اسماعيليه در ايران به وسيله «حسن صبّاح» قدرت بزرگى شد . حسن صباح ـ كه ايرانى الاصل و اهل رى بود ـ توسط يكى از اسماعيلى هاى رى به اسماعيليه ملحق شد پس از مدتى به مصر رفت و مقام بالايى را نزد اسماعيليه احراز كرد سپس به ايران بازگشت و براى نشر اين فرقه تلاش كرد . ديرى نپاييد كه پيروان او قدرت يافتند و براى حكومت سلجوقى خطر آفرين شدند. قيام آنها بالا گرفت و درگيرى هاى شديدى بين اسماعيليه و حكومت سلجوقى بوجود آمد. [2]
گرچه تشيع از نظر اعتقادات و از جهت تفكر سياسى و تشكيل حكومت تفاوت بسيارى با اين فرقه داشت ليكن حكومتها با شيعيان نيز به همان منوال برخورد مى كردند ؛ به گونه اى كه در دوران غزنويان و اوائل حكومت سلجوقيان، شيعيان را به اهتمام باطنى بودن (اسماعيلى بودن) مورد آزار و شكنجه و قتل قرار مى دادند .
رفته رفته مشى خاص سياسى شيعه و نيز برائت علماى شيعه از فرق منتسب به شيعه تأثير خود را گذاشت و در دوران سلجوقيان شيعيان رى را به عنوان قشرى ممتاز، كار آمد و صاحب موقعيت در جامعه نشان داد .

[1] ر. ك: النقض، ص ۱۰۱.

[2] حسن صباح مدتى حاجب (مسئول نظامى) آلپ ارسلان سلجوقى (حكومت ۴۵۵ ـ ۴۶۵) نيز بوده است و بنا بر نقل يكى از مورخان، وى در آن هنگام شيعه امامى بوده است .