المفسر من معتقداته والأُصول التي يتبناها. وهذا هو العامل المهم في اختلاف المفسرين.

ثمّ إنّ هناك وجهاً آخر للاختلاف وهو الاختلاف في الأُصول التي يجب أن يصدر عنها المفسر.

فالشيعي الإمامي يصدر عمّـا روي عن النبي وأهل بيته عليهم‌السلام بطرق خاصة ويفسر بها الآيات لا سيّما فيما يرجع إلى الأحكام ، ولكن المفسر السنّي يصدر عن غير هذا المصدر فيأخذ بقول كلّ صحابي وإن أدرك النبي يوماً أو يومين أو شهراً ولم تثبت عدالته ، كما أنّ هناك من يأخذ بالإسرائيليات التي جرّت الويلات على المفسرين.