3- اجتماع الأمر و النهي 4- في دلالة النهي عن الفساد.
5- المفاهيم.
6- تداخل الأسباب.
المجلد الثالث- و يضم.
1- مبحث القطع.
2- الظن.
3- البراءة.
4- الاشتغال 5- التعادل و التراجيح.
و قد جعل ترتيب المجلدات هكذا، لأن النسخة الفرعية (نسخة الحائري) كاشفة عن أن نسخة الأصل كان ترتيبها هكذا حين استنسخ الحائري نسخته عنها.
5- و لما كان مبحث الصحيح و الأعم ناقصا في نسخة الأصل (الروزدري) و كان هذا النقص في أول المبحث، فقد قدم ما في نسخة اللاري، ثم اتبع بما هو موجود منه في نسخة الأصل.
6- أما في مبحث البراءة فقد كان الأمر بالعكس حيث تمم المبحث بما ذكره اللاري في نسخته.