وسنة ١٨٤٠ ميلادية استرجعتها الدولة العلية من إبراهيم باشا بعد عدة حروب وقد أتحدت مع الدولة العلية على رفع الحكومة المصرية دول أوروبية.

وسنة ١٨٥١ ميلادية جرى فى هذه المدينة بعض أسباب جعلت سببا للحرب العظيمة التى جرت بين الدولة العلية والمسكوب وذلك أنه كان يوجد اختلافات مزمنة بين الروم واللاتين بسبب كنيسة القيامة وبعض الأماكن المقدسة فكانت كلّ من الطائفتين تدعى لذاتها حق الرياسة والتقدم على الأخرى باستلام مفاتيحها وإذ كانت روسيا قد جعلت الشرق مطمح نظرها استغنمت هذه الفرصة لمحاربة الدولة العلية فأشهرت الحرب المعروفة بحرب القرم.

وبعد أن استرجعت الدولة العلية سورية من الحكومة المصرية سنة ١٨٤٠ ميلادية كانت تارة تجعل القدس تابعة لايالة صيدا وطورا تجعل المتصرفية مرتبطة رأسا بالباب العالى وكان كثيرون من أصحاب الدعاوى التى لا تحل حلّا موافقا يستأنفونها إلى بيروت التى صارت مركزا لايالة صيدا بعد سنة ١٨٦٠ ميلادية أقام الباب العالى واليا فى دمشق وصارت القدس متصرفية تابعة لولاية سورية التى مركزها الشام فأنها كانت لواء كلواء بيروت وله متصرف وبعد سنة ١٨٧٠ ميلادية تعلقت رأسا بالباب العالى.

وسنة ١٨٧٣ ميلادية صدر أمر من الباب العالى بإرسال كيرللس بطريرك الروم الأرثوذكس من القدس إلى الأستانة العلية تحت الحفظ وسبب ذلك هو انه عندما دعى إلى الأستانة للمباحثة مع البطريرك المسكونى