حنبلى، شافعى، حنفى» خارج است. سلطان وقت براى دستگيرى و جلب شهيد مأمورانى به جبل عامل فرستاد. شهيد ثانى در آن زمان در ميان تاكستان خود بيرون از قصبه «جباع» مشغول تأليف شرح لمعه بود مردم جبل عامل در پاسخ مأمورين سلطان گفتند: نامبرده مسافرت كرده است.

شهيد وقتى از ماجرا باخبر شد تصميم گرفت كه پنهانى به سفر حج مشرف شود. لذا محرمانه در محملى پوشيده به طرف مكه حركت كرد. مأموران از مسافرت شيخ شهيد باخبر شدند و به طرف مكه رهسپار شدند و آن بزرگوار را در مسجد الحرام دستگير نموده و مدت چهل روز او را در مكه زندانى كردند. سپس او را با كشتى به طرف اسلامبول حركت دادند. در بين راه- در كنار دريا- سر از بدنش جدا نمودند و بدن شريفش را به دريا انداختند. بعضى گفته‌اند: چون مأمورين شيخ را دستگير كردند او از آنان مهلت خواست تا اعمال حج را به انجام برساند مأمورين قبول كردند. پس از فراغت حج او را به طرف اسلامبول حركت دادند در نزديكى شهر شخصى از مأموران پرسيد اين شيخى كه همراه شما است كيست؟ مأموران گفتند: يكى از علماى شيعه است و بايد او را جهت بازجويى به نزد سلطان ببريم. آن شخص گفت: اگر او را زنده به نزد سلطان ببريد ممكن است نزد سلطان از شما شكايت كند- كه در بين راه او را اذيت كرديد- و او هم در دستگاه سلطان طرفدارانى دارد كه گفته‌اش را تأييد كنند و باعث هلاكت شما گردد پس بهتر است او را در همين جا به قتل برسانيد.