حريق بزرگ سوم كه اين خانقاه و مسجد را آسيب زياد رسانيد در سال 1144 ه حادث گرديد. در سال 1146 ه والى كشمير بنام ابو البركات خان آن را طبق خطوط و نقشه كهن تجديد تعمير گردانيد. «كعبة البركات» (1146) را در تاريخ تعمير تجديد ثانى گفته‌اند- «مسجد شاه همدان» كه هنوز پابرجاست همان است كه در سال 1146 ه تجديد شده است از اين روى دو قرن و نيم از قدمت آن ميگذرد.

اگرچه اين مقام و مسجد جامع در زندگانى على همدانى و پسر او محمد همدانى بزرگترين مركز نشر و گسترش دين اسلام در كشمير بوده، ولى نامسلمانان آن نواحى هم آن را محترم ميشمارند زيرا «خدمات متنوع» كه شاه همدان و خلف امجد او انجام داده‌اند، نزد اين گروه هم قابل ارزش است‌[1].

از سال 1234 ه سيك‌ها اقتدار و تسلط كشمير را خود بدست گرفتند و اجتماع گاه‌هاى بزرگ مسلمانان و منجمله آنها «مسجد شاه همدان» را بروى مسلمانان بستند. مقصودشان اين بود كه مسلمانان در جايى جمع نگردند و همواره قوت و جمعيت‌شان پراكنده و شتى بماند. اين مطلب را سياح معروف و ليام مور كرافت هم در سفرنامه خود نوشته است وى بين سالهاى 1819 و 1825 ميلادى ابن مسجد را مسدود و مقفل ديده است.

در سال 1292 ه انگليسى‌ها با پرداختن 12 هزار روپيه بيكى از احفاذ مير سيد محمد همدانى كه سيد يعقوب خان اتاليق غازى نام داشت، اين مسجد و موقوفات آن را خريده و وقف‌نامه آن را كالعدم قرار داده‌اند. مقصودشان همان بود كه سيك‌ها داشته‌اند[2]- ازين تاريخچه مختصر پيداست كه «مسجد شاه همدان» از اوائل قرن نهم هجرى يكى از مراكز مهم عبادات و فعاليتهاى اجتماعى مسلمانان بوده و براى همين امر است كه امروز هم از اهميت آن كاسته نشده است. خواجه عزيز الدين كشميرى لكهنوى (م 1333 ه- 1915 م) كه‌

[1] - آب كوثر، ص 378. يغما 2 ص 342.

[2] - تاريخ حسن، ج 2، ص 211، 588، 757، 859.