تقي مع أبرز تلامذته الشيخ سلمان الصفواني القطيفي بقطار خاص إلى البصرة ثم إلى الحجاز. ثم انتقلوا إلى مدينة قم في إيران([1331]).

لقد كان نفي الشيخ الخالصي وأنصاره ضربة موجعة للمعارضة ولرموز التحرك الإسلامي وبالذات بقية العلماء المراجع المتصدين للعمل السياسي. وقد عبّرت الجماهير العراقية عن احتجاجها لنفي الخالصي بالإضرابات العامة، والتظاهرات الاحتجاجية في الكاظمية وبغداد والنجف وكربلاء وبعض مدن وعشائر الفرات والبصرة. ولكي تتعمق حالة الاستياء العام في أوساط الأمة سواء في العراق أو إيران، قرر العلماء الكبار الالتحاق بالشيخ الخالصي في إيران احتجاجاً على اعتقاله ونفيه من العراق، تعبيراً عن استيائهم الشديد لذلك الإجراء، ويبدو لنا إن الهدف الرئيس من قرار العلماء - هذا - هو وضع الأمة في زاوية تحمل المسؤولية المباشرة، للوقوف في وجه إجراءات الحكومة ضد علماء الإسلام، وذلك بالاحتجاج والتظاهر المستمر والإضرابات لشل الحياة الاقتصادية في البلد، والانتصار لكرامة العلماء وبالذات الشيخ الخالصي، وبالتالي لتثمر الضغوط على الحكومة وسلطة الاحتلال بتغيير سياستها اتجاه شعب العراق الذي يقوده العلماء المراجع. ففي 28 حزيران وصل عدد من علماء النجف كان في مقدمتهم السيد أبو الحسن الاصفهاني، والميرزا النائيني، إلى كربلاء في طريقهم للهجرة، فتظاهر عدد من العلماء ومجاميع من الناس المؤيدة لهم في كربلاء، إلا أن السلطات اعتقلت تسعة من كبار العلماء في كربلاء، في مقدمتهم السيد أبو الحسن الاصفهاني، والميرزا حسين النائيني، والشيخ جواد الجواهري، والسيد عبد الحسين الطباطبائي، ومهدي الخراساني، وحسن الطباطبائي بصحبة خمسة وعشرين عالماً آخر، وقد تم تسفيرهم في 1 تموز 1923م الموافق

[1331] البصير: مصدر سابق، ص506، راجع الوردي، المرجع ذاته: ج6، ص208-227، فبعد أن أدى فريضة، سافر إلى إيران ونزل في مدينةقم. للتفاصيل راجع، الخالصي، بطل الإسلام (مذكرات الشيخ محمد الخالصي) طبع طهران 2007م. ص224 وما بعدها.