الاجتهاد علی الإطلاق، قد کان فی مقام الورع والتقوی والزهد من هذه الدنیا وترک المعاشره مع أبناء هذا الزمان من الأماثل والأقران وغایه الاختفاء عنهم، ولعمری إنّ سلوکه بهذا المسلک هو المرغوب إلیه ولا سیما فی هذه الأوان.

قال فی الفارسیه، ونعم ما قال:

چون شب قدر از همه مستور شد

لاجرم از پای تا سر نور شد

کثّر الله أمثاله، ورزقنا التخلّق بمحاسن أخلاقه والتحلّی بحلیه آدابه وادراک صحبته، لما فیها من المنفعه علماً وعملاً".[1]

چنانچه از اجازه فوق برمی آید مرحوم خوانساری دارای مکارم اخلاق و زهد و تقوای فراوان بوده و در زندگی، عزلت و گوشه نشینی اختیار نموده و به تألیف و تحقیق می پرداخته است. برخی از آثار این فقیه محقّق عبارتند از:

1. "دروس الاصول"

اثری بسیار مفصّل در علم اصول فقه. نسخه ای ازجلد اوّل آن که در سال1248ق تألیف و در سال 1254ق به خط زیبای محمد ابراهیم بن کلبعلی خوانساری در 685 صفحه کتابت شده، در کتابخانه مؤسسه کاشف الغطاء نجف اشرف و نسخه دیگری از آن در کتابخانه آیه الله العظمی گلپایگانی موجود است.

2. شرح "تبصره المتعلمین"

از علامه حلّی، در فقه. نسخه خطی آن شامل مباحث طهارت و صلات و زکات که در سال های 1260 و 1259 تألیف شده در کتابخانه آیه الله العظمی گلپایگانی موجود است.