نورى در «النجم الثاقب» مى‌نويسد:

سيد محمد، صاحب كرامات متواتر است و حتى نزد اهل‌سنت هم معروف است. مردم عراق، حتى اعراب باديه‌نشين هم مى‌ترسند به نام او، قسم ياد كنند. اگر آنها را به برداشتن مالى متهم كنند، آن را برمى‌گردانند؛ ولى به سيد محمد، قسم نمى‌خورند؛ زيرا عذاب آن را ديده‌اند.[1705]

تعدادى از علما، درباره كرامات سيد محمد، كتاب‌هايى نوشته‌اند؛ از جمله مهدى آل عبدالغفار كشميرى، رساله‌اى را در كرامات سيد محمد بن على الهادى، نوشته است. در اينجا ما به نمونه‌اى از كرامات ايشان، اشاره مى‌كنيم:

علامه سيد هادى خراسانى بجستانى‌[1706] از سيد حسن آل خوجه، از خدام آستانه عسكريين (عليهما السلام)، نقل مى‌كند:

در صحن شريف ابى‌جعفر سيد محمد، نشسته بودم. متوجه شدم شخصى عرب در حالى كه يكى از دست‌هايش را به گردن بسته بود، وارد آستانه شد. نزديك رفتم و از علت مريضى او سؤال كردم. در جوابم گفت: «سال گذشته، روزى به منزل خواهرم رفتم. ديدم در حياط، گوسفندى بسته است. خواستم ذبح كنم و بخورم؛ خواهرم اجازه نداد و گفت كه اين گوسفند نذر سيد محمد است.

من به حرف او توجه نكردم و آن را ذبح كردم. پس از سه روز، آثار شلى در دستم، نمايان گشت و روز به روز، بدتر شد. من متوجه علت آن نبودم؛ تا اينكه در اين اواخر متوجه عملم شدم. حالا هم پشيمانم و براى شفا به آستانه سيد محمد آمدم». سپس با همراهيان، وارد حرم شد و شروع به گريه و زارى كرد. پس از ساعتى، ديدم دستش را حركت مى‌دهد. سجده شكر به‌جا آورد و نذر كرد هرسال، گوسفندى بياورد و به نيت سيد محمد، ذبح كند.[1707]

[1705] . ابوجعفر محمد بن على الهادى، غروى اردوبادى، ص 40.

[1706] . زندگى اين عالم بزرگوار، در گلشن ابرار، ج 5، ص 329، آمده است.

[1707] . ابوجعفر محمد بن على الهادى، غروى اردوبادى، ص 40.