زيارتگاه مقدس ديگرى بوده كه در منابع تاريخى از آن، با عنوان مشهد العتيقه، ياد شده است و وجه تسميه آن، وقوع آن در بازار يا محله‌اى به همين نام بوده است. اين محله در اصل، روستايى قديمى به نام سونايا بود كه پس از توسعه شهر بغداد، به يكى از محله‌هاى اين شهر تبديل شد و نام آن به عتيقه تغيير يافت و بعدها نيز از بين رفت.[1026]

برخى از نخستين اشاره‌هاى تاريخى به اين زيارتگاه، در رجال نجاشى، به چشم مى‌خورد كه نشان از برخى فعاليت‌هاى علمى علماى شيعه در آن دارد. نجاشى، اشاره مى‌كند كه در مشهد العتيقه، كتاب الغيبة نعمانى بر محمد بن على شجاعى كاتب خوانده مى‌شد[1027] و خود او نيز در آنجا، كتاب صيام ابن فضال را خوانده است.[1028]

ابن‌جوزى نيز در تاريخ خود نوشته است كه از سال 448 ه. ق، (سالى كه در آن، به شيعيان سختگيرى بسيارى شد و به خانه شيخ طوسى هجوم بردند و او به نجف مهاجرت كرد)، در آستان كاظمين، مشهد العتيقه و مساجد كرخ، اذان گفتن به روش شيعه، ممنوع شد و به‌جاى آن، اذانِ اهل‌سنت كه در آن به‌جاى عبارت «حى على خير العمل»، عبارت «الصلاة خير من النوم» مى‌گفتند، گفته شد.[1029] او همچنين در ذيل حوادث سال 457 ه. ق، اشاره كرده است كه در اين سال، اهالى باب بصره (نام يكى از دروازه‌ها و محله‌هاى شهر بغداد در آن زمان)، شبانه درِ آهنى مشهد العتيقه را از جا كندند و با خود بردند. اما پس از جست‌وجو موفق شدند كسى را كه در را با خود برده بود، پيدا كنند و در را از او پس گيرند.[1030]

همچنين خطيب بغدادى در تاريخ خود، از اين مسجد ياد كرده و درباره آن نوشته است:

[1026] . معجم البلدان، ج 3، ص 285.

[1027] . رجال النجاشى، ص 383.

[1028] . همان، ص 259.

[1029] . المنتظم، ج 16، ص 7.

[1030] . همان، ص 91.