فقد جرّدناها من المعقوفين [].

4. تخريج الآيات الكريمة، والأحاديث الشريفة، و قد أسندناها إلى مصادرها الأصلية.

5. تخريج الأقوال و الآراء المنقولة قدر المستطاع؛ سواء الفقهية منها أو الاصولية أو الرجالية أو التفسيرية أو الفلسفية أو اللغوية أو غيرها. و قد عبّرنا بلفظ «انظر» فيما لو لم نتمكّن من تحديد صاحب القول الأصلي، أو لم نعثر على القول في كتابه، أو لم يكن المنقول مطابقاً للموجود في الكتاب.

6. وضع الفهارس الفنّية لكلّ مجلّد تسهيلًا لأمر المحقّقين والاستفادة الكاملة من الكتاب.

7. إضافة متن «كفاية الاصول» المرتبط بالتعليقة حتّى يسهل للقارئ الرجوع إلى المتن والاستفادة من التعليقة في آخر كلّ مجلّد.

8. كانت في الطبعة الاولى علامة [] للإشارة إلى التصرّف في المتن بإصلاح الضمائر وغيرها وحيث إنّ التصرّفات كانت غير هامّة أو مرجوحة حذفناها وفي بعض الموارد أرجعنا المتن إلى ما كان.

وجدير بالذكر أنّ هذه المراحل قد وقعت في الطبعة الاولى لهذه المؤسّسة وفي هذه الطبعة قد صحّحناها وهذّبناها ثانياً.

وليعلم أنّ التعليقة قد طبعت أوّل مرّة بعد رحلته عام 1413 ه ق.

(1372 ه. ش) تحت عنوان «أنوار الهداية في التعليقة على الكفاية» و هو عنوان اختاره مؤسّسة تنظيم ونشر آثار الإمام الخميني قدس سره بإجازة نجله حجّة الإسلام والمسلمين الحاج السيّد أحمد الخميني رحمه الله. و قد كان انتشر نظرياته الاصولية