3- كتاب «الخلل في الصلاة».

4- كتاب «الرسائل في أصول الفقه» و هو يضمّ رسائل في موضوعات متنوّعة مثل: لا ضرر، و الاستصحاب، و التعادل و الترجيح.

5- «تعليقة على كفاية الأصول» و هي جزءان و قد طبعتهما مؤسسة تنظيم و نشر آثار الإمام تحت عنوان «أنوار الهداية».

6- مجلّدان في مباحث الألفاظ من الأصول و قد طبع المجلّدان تحت عنوان «مناهج الوصول» مع تعليقات و تذييلات من «مؤسّسة تنظيم و نشر آثار الإمام».

7- «تحرير الوسيلة» و قد كان أصل هذا الكتاب هو كتاب «وسيلة النجاة» لآية اللّه العظمى و المرجع الفقيد المرحوم السيّد أبو الحسن الأصفهاني، و قد علّق عليها الإمام- قدّس سرّه- ثمّ جمع بين المتن و التعليقة و أضاف إليها الكتب و الأبواب التي لم تكن في وسيلة النجاة، ككتاب الحج و الجهاد و الأمر بالمعروف و النهي عن المنكر، و الحدود و القصاص و الديات، و كان ذلك أثناء إقامته في منفاه بتركية، حيث أقصي إليها من وطنه ظلما من قبل الطاغوت المباد.

8- «تهذيب الأصول» و هي تقريرات لأبحاثه العليا في الأصول من أوّله إلى آخره.

9- «المكاسب المحرّمة» في مجلدين- و هو هذا الكتاب- و سنشير إلى منهجه فيه عند بيان منهج الإمام و أسلوبه العلمي.

10- و كتب في العرفان و الأخلاق و الفلسفة كمصباح الولاية و سر الصلاة و آداب الصلاة و شرح الأربعين حديثا، التي طبع أكثرها بواسطة المؤسسة المذكورة.

و غير ذلك من عشرات الكتب و المؤلّفات التي تتضمّن أبحاثا معمّقة