هم مشغول قرائت دعاى سيفى و دعاى انتصاف مظلوم منسوب بحضرت امام حسين ع بود، همينكه باواسط همين دعاى دوّيمى رسيد محمود بيگ از اسب افتاده و سرش شكسته و لگدكوب اسبها گرديد و در رياض، بعد از اين جمله از بعضى تواريخ ديگر نيز نقل كرده است كه محمود بيگ مذكور با جمعى ديگر تبانى كرده و تصميم داده بودند كه در همان روز بخانه محقّق حمله برده و در اسوء احوال بقتلش آرند (كار پاكان را قياس از خود مگير).

وفات محقّق كركى روز غدير از ماه ذيحجه سال نهصد و چهلم يا سى و هفتم يا هشتم هجرى قمرى در نجف اشرف واقع شد و بنابر تاريخ اوّل كه صحيح‌تر است جمله مقتداى شيعه- 940 مادّه تاريخ وفات ميباشد و در رديف اشخاص مسمّى به على از نخبة المقال گويد:

بعد از وفات محقّق مذكور، شيخ على منشار پدر زن شيخ بهائى كه از افاضل تلامذه محقّق بوده جانشين وى و مقرّب دربار سلطانى شد، در اصفهان شيخ الاسلام رسمى گرديد و بعد از وفات او نيز همين منصب عالى بشيخ بهائى انتقال يافت. از ابن عودى و شيخ حسين والد ماجد شيخ بهائى نقل است كه محقّق كركى مسموما درگذشته و ظاهر آن است كه مسموميّت وى از طرف بعضى از امناى دولت بوده است. مخفى نماند كه محقّق كركى على بن عبد العالى غير از معاصرش شيخ على بن عبد العالى ميسى است كه شرح حال او بعنوان ميسى خواهد آمد.

شيخ عبد العالى بن على فرزند محقّق كركى نيز از اجلّاى علماى حقّه و فقيهى است فاضل محقّق متكلّم مدقّق محدّث عابد زاهد جليل القدر و عظيم المنزلة و كثير الحفظ و از تلامذه والد ماجد خود و خالوى ميرداماد و از مشايخ اجازه او و حاشيه مختصر نافع و رساله‌اى در معرفت قبله و شرح ارشاد علامة و شرح الفيه شهيد از تأليفات وى ميباشد و