الف ـ شهرت فوق العاده ايشان به فضل و علم , به گونه اى كه در حوزه نجف اشرف مشار با لبنان بود و سر آمد تلاميذ وحيد بهبهانى به شمار مىآمد و اين شهرت هم اكنون نيز پس از گذشت دو قرن از رحلت او همچنان به قوت خود باقى است .

ب ـ گواهى وحيد بهبهانى به مراتب علمى و فقاهتى او در مناسبتهاى مختلف , پيش از اينكه از مرجعيت كناره گيرى كند .

ج ـ اعتقاد بحرالعلوم به علميت فراوان او , در مقدمه رجال بحرالعلوم صفحه 41 آمده است : بحرالعلوم بعد از وفات استاد كل وحيد , شيخ جعفر كبير را براى فتوا و تقليد تعيين نمود و در مناسبتهاى مختلف بر اين امر تأكيد فراوان داشته و حتى به تمام بستگانش دستور داد كه از شيخ جعفر تقليد نمايند و اين خود بيانگر نهايت اعتقاد وى به شيخ از نظر علمى و تقوا بوده است .

د : بعد از وفات وحيد , بحرالعلوم كارها را بين علماى مهم در نجف اشرف تقسيم كرد , بدين گونه كه براى تقليد و بيان احكام شرعى شيخ جعفر كبير را و براى امامت در نماز جماعت استاد بزرگ فقه و اصول شيخ حسين نجف را [1] و براى قضاوت شيخ شريف محى الدين را معين كرد و براى خود نيز تدريس و اداره شئون مسلمانان را در نظر گرفت .

يكى از ويژگيهاى مهم شيخ جعفر اين بود كه وى عالم بسيار شجاعى بود , نوشته اند كه اهالى نجف اشرف در هر پيش آمدى به او مراجعه مى كردند , از آن جمله محاصره نجف