مرحوم شيخ اعظم انصارى درباره او چنين گفته است : اگر فردى قواعد اصولى را كه شيخ در اول كشف الغطاء مطرح ساخته به اتفاق بداند از نظر من مجتهد است . اهميت ويژه اى كه شيخ انصارى در مكاسب براى مبانى اجتهادى شيخ جعفر قايل بوده است براى هيچ كس حتى براى اساتيد خود مانند صاحب جواهر و ديگران قايل نبوده است . لذا در مكاسب ديده مى شود كه از او به عنوان بعض اساطين , و از صاحب جواهر به بعض معاصرين تعبير مى كند . او هنگامى كه نظرات كاشف الغطاء را مطرح مى كند بسيار محتاطانه آنها را در مورد بررسى قرار مى دهد و سعى مى كند كه نظريه او را تأييد كند ولى در برابر آرا و نظرات صاحب جواهر اين گونه نيست .

و نيز غير از شيخ انصارى عالمان بزرگ ديگرى اهميت ويژه اى براى قواعد اجتهادى او قايلند كه براى ديگران چنين ويژگى را قايل نيستند . عالمان رجالى نيز مانند عالمان فقهى و اصولى آنگونه كه براى او در آثارشان اهميت قايلند براى ديگران قايل نيستند .

مرحوم شيخ عباس قمى در كتاب الكنى و الالقاب به نقل از شيخ نورى در مستدرك در وصفش مى گويد : او از آيات شگفت خداست كه انديشه ها از درك و زبانها از وصف وى قاصر است .

شيخ جعفر كبير علاوه بر اينكه در عصر خود از جهت تبحر در استخراج احكام الهى از پايه هاى اصلى استنباط بى نظير بود , در تدريس و بيان احكام نيز از جلوه خاصى برخوردار بود و بدين جهت از حوزه درس او بزرگانى مانند صاحب جواهر و حجة الاسلام شفتى صاحب مطالع الانوار و شيخ محمد ابراهيم كلباسى صاحب اشارة الاصول و سيد صدر الدين عاملى و شيخ محمد تقى اصفهانى صاحب حاشيه معالم برخاسته اند كه هر كدام در گسترش و تكامل فقه اجتهادى نقش عمده اى داشته اند .

همانگونه كه قبلا گفتيم استاد كل وحيد بهبهانى در اواخر عمر از مرجعيت