‌ بيش‌ترين دوره امامت امام موسى بن جعفر (عليه السلام) در زمان خلافت هارون، ششمين خليفه عباسى، سپرى شد. هارون، در نظر بسيارى از مورخان، انسانى چند شخصيتى و داراى تضاد روحى و ناهماهنگى در شخصيت بود. گاه بر اثر شنيدن اندرزهاى دانشمندان، بسيار زاهد و مؤمن مى‌گرديد و گاه با چنگيز نيز قابل مقايسه نبود. [1] روزى در محفلى خصوصى لزوم بازگرداندن فدك به امام كاظم (عليه السلام) را يادآور شد و از حضرت خواست حدود آن را مشخص‌سازد. وقتى امام (عليه السلام) حدود جغرافيايى فدك را تمام حدود امپراطورى اسلام خواند، به فكر فرو رفت و با خشم گفت: با اين ترتيب، چيزى براى ما باقى نمى‌ماند. [2]

‌ هرچند حكومت هارون در بهترين موقعيت اقتصادى به‌سر مى‌برد و از طريق ماليات زمين‌هاى فتح شده، جزيه پيروان اديان ديگر و جمع‌آورى زكات، درآمد بسيار داشت; ولى اين ثروت انبوه اغلب در راه ارضاى تمايلات شخصى خليفه مصرف مى‌شد تا آن‌جاكه نوازندگان، شاعران، چاپلوسان و حاشيه‌نشينان بيش‌تر از نيازمندان بهره مى‌بردند. [3]

‌ هارون سوگند خورده بود خاندان على (عليه السلام) و پيروان آن‌ها را از ريشه بركند. او مى‌گفت: ... تا‌ كى خاندان و فرزندان ابوطالب را تحمل كنم؟ ... به خدا سوگند، هم خودشان و هم شيعيان‌شان را مى‌كشم. [4] كارگزاران او در راستاى مبارزه با تشيع، مرقد امام حسين (عليه السلام) را نابود كردند و زمين كربلا را شخم زدند. [5] بدين‌سبب، امام كاظم (عليه السلام) از زندان براى هارون پيامى فرستاد و فرمود: هارون، هر روزِ ناگوارى كه بر من سپرى مى‌گردد از تو نيز، همانند آن، يك روز خوش به آخر مى‌رسد... تا پايان يابد. سرانجام به روزى خواهيم رسيد كه من و تو با هم در پيشگاه عدل الهى گرد خواهيم آمد; تفاوت آن روز با اين ايام آن است كه ستمگران و جنايتكاران زيانى آشكار خواهند ديد، زيانى كه هرگز قابل جبران نيست. [6]