«عماد الدين باقى» در سال 1362 بود كه ضربه سختى بر انجمن وارد كرد.

اين كتاب پيش از آن به صورت بخش بخش در روزنامه اطلاعات به چاپ رسيد، زمانى كه كتاب در تيراژ بالغ بر هشتاد و هشت هزار نسخه به چاپ رسيد، ضربه‌اى سهمگين بر انجمن وارد آمد. پس از اشاره غيرمستقيم رهبر انقلاب به انجمن كه بدون تصريح به اسم انجمن صورت گرفته و ضمن آن از ايشان خواسته شده بود اعوجاجات خود را كنار بگذارند، انجمن در سال 1362 ش، به طور رسمى تعطيلى خود را اعلام كرده و ضمن آن توضيح داد كه چون خود را مصداق سخنان رهبر انقلاب نمى‌داند انجمن را تعطيل مى‌كند.

انجمن در شوال 1403 ق ضمن بيانيه‌اى با اعلام اين مطلب افزود:

بر اساس عقيدۀ دينى و تكليف شرعى خود، تبعيت از مقام معظم رهبرى و مرجعيت و حفظ وحدت و يكپارچگى امت و رعايت مصالح عاليه مملكت و ممانعت از سوءاستفاده دستگاه‌هاى تبليغاتى بيگانه و دفع غرض‌ورزى دشمنان اسلام. . . اعلام مى‌داريم كه از اين تاريخ، تمام جلسات انجمن تعطيل مى‌باشد و هيچ كس مجاز نيست تحت عنوان اين انجمن كوچك‌ترين فعاليتى كند. [1]

به نظر مى‌رسد انجمن به جز كارهاى تبليغى و برگزارى برخى جلسات ضد كمونيستى و ماركسيستى، به نقد جدّى عقايد بهايى هم مى‌پرداخت؛ گرچه اين مسأله ممكن بود در قالب كمك به ديگر نويسندگان باشد كه نمونه آن آقاى محمّد باقر نجفى در كتاب بهائيان است كه از آقاى حلبى به دليل در اختيار نهادن برخى اسناد تشكر كرده است. همين‌طور خود آقاى حلبى هم گويا به نقد «ايقان» مشغول بوده و مرحوم محيط طباطبايى در مقاله‌اى گفته است: آقاى حاجى شيخ محمود حلبى. . .154 غلط ادبى از متن ايقان بيرون آورده و در كتاب پژوهش جامع دربارة ايقان تأليف خود به تفصيل ياد كرده است. [2]

يادآورى آن لازم است كه طبعا در اين سال‌ها مبارزه با بهائيت منحصر به انجمن حجّتيه نبود. در اطلاعيه‌هايى كه گاه از سوى مراجع انتشار مى‌يافت، با نفوذ اقتصادى بهائيان مبارزه مى‌شد.