در محلۀ كرخ بغداد، پناهگاه مسلمانان بود. براى درك محضر او، دانشمندان فراوانى از سراسر سرزمين اسلامى، قصد بغداد مى‌كردند، تا از خرمن دانش و فضيلت آن عالم بزرگوار توشه برگيرند.

با اسف شيخ طوسى در حالى رهبرى دينى شيعه را پذيرفت كه بنيان مذهب شيعه مى‌رفت، تا در آتش تعصب‌هاى كور دشمنان آسيب‌هاى شديدى ببيند. اگر نبود جز رخداد آتش‌سوزى خانه و كتابخانۀ آن دانشمند بزرگ و سوختن ميراثى بزرگ از انديشه‌هاى مكتوب موجود در آن كتابخانه، كافى بود تا پرده از آن جنايت بزرگ بردارد.

بى‌گمان از زيانبارترين حوادث تلخ تاريخ شيعه، آن آتش‌سوزى بزرگ است؛ چرا كه در آن حادثه، هزاران اثر بى‌مانند به خاكستر تبديل شد و جهانى را از رشد علم و دانش محروم كرد. شيخ طوسى، سوگمندانه از حادثه پيش آمده و نگران بر جان خويش به نجف اشرف مهاجرت كرد، تا در جوار باب علم پيامبر صلّى اللّه عليه و اله و سلّم بنيان مباركى را پايه گذارى كند. خوشبختانه در پس آن تلاش‌هاى خالصانه، صدها سال است آن مكان مقدس پناهگاهى مطمئن براى انديشمندان بزرگ شيعه به شمار مى‌آيد.

شيخ طوسى در شب دوشنبه 22 محرم سال 460 ق به رحمت ايزدى پيوست و در نجف اشرف در خانۀ خويش به خاك سپرده شد. وى نه فقط مرجعى بزرگ در زمان خويش بود كه آثار ارزنده‌اى نيز براى آيندگان خود به ارمغان گذاشت. [1]كه از آن‌ها كتاب الغيبة است.

كتاب الغيبة از كامل‌ترين منابع شيعه دربارۀ غيبت حضرت مهدى عجّل اللّه تعالى فرجه الشريف است. در اين كتاب، به علت و انگيزه غيبت امام زمان عجّل اللّه تعالى فرجه الشريف و حكمت الهى كه موجب آن گرديده، اشاره شده است. شيخ طوسى در نگارش اين اثر، شيوه‌اى نو و ابتكارى به كار گرفته و به جوانب مختلف غيبت حضرت مهدى عليه السّلام اشاره كرده است. همچنين با استدلال به قرآن و روايات معصومان عليهم السّلام و حكم عقل، به پاسخگويى به شبهات و اشكالات مخالفان پرداخته است.