درمورد تشكيل حكومت اسلامى تفاوت ديدگاه امام با مرحوم آقاى خويى اين است كه آقاى خويى احكام انتظامى اسلام و اجرايى و تشكيل حكومت را از امورى مى‌دانند كه شارع به فروگذارى آن رضايت نمى‌دهد.

آيت ا للّه‌ خويى معقتد است كه فقيه جامع الشرائط درعصر غيبت مى‌تواند تشكيل حكومت دهد و احكام انتظامى را اجرا كند، زيرا اجراى احكام انتظامى درراستاى مصلحت عمومى تشريع شده تا جلو مفاسد و ظلم و ستم را بگيرد، به علاوه، دلايل اجراى قصاص و ديات و حدود و ساير احكام انتظامى اسلام، اطلاق دارد و نمى‌توان آن را مقيد به زمان خاص يا حالت خاصى دانست. از منظر ايشان، براى جلوگيرى از هرج و مرج و اختلال نظام، قدر متيقن از اجراى احكام انتظامى اسلام، فقهاى جامع الشرائط هستند.

ايشان با اشاره به «ان هناك اموراً لابد أن تتحقق خارجاً المعبّر عنها بالامور الحسبية و القدر المتيقن هو قيام الفقيه بها» (1)و با استفاده از توقيع شريف «اما الحوادث الواقعة فارجعوا فيها إلى رواة أحاديثنا فانهم حجتي عليكم و أنا حجة اللّه‌» و روايات ديگرى كه صدور حكم در عصر غيبت را شايسته فقهاى جامع الشرائط مى‌داند، نتيجه مى‌گيرند كه مسأله حكومت و سرپرستى امور مردم درجهت حفظ مصالح امت وحراست از مبانى اسلام است و از مهمترين واجباتى كه شرع مقدس تن به اهمال آن نمى‌دهد و نمى‌توان در برابر آن بى تفاوت بود. قدر متيقن اين است كه وظيفه فقهاست تا اين مسوءوليت اجرايى را به عهده بگيرند.

آيت اللّه‌ خويى، ولايت را يك وظيفه و تكليف براى فقيه جامع الشرائط مى‌شمرند و دلايل ثبوت ولايت فقيه در عصر غيبت را قبول ندارند و آنچه طبق نصوص شرعى براى او ثابت است، نفوذ قضا و حجيت فتواى