شخصيت و هويت فرهنگى خويش را در برابر بيگانگان صيانت نمايد و اصالت مكتب اسلام را در مقابل مكاتب ديگر به اثبات برساند علاوه بر دروس متداول آن زمان، به درس‌هاى ديگرى هم احتياج داشت امّا چه درسى و از چه استادى. علامه مى‌فرمودند:

«وقتى به قم آمدم مطالعه‌اى در وضع تحصيلى حوزه كردم و يك فكرى درباره نياز جامعه اسلامى نمودم، بين آن نياز و آنچه موجود بود چندان تناسبى نديدم. جامعه ما احتياج داشت كه به عنوان جامعه‌اى اسلامى قرآن را به درستى بشناسد و از گنجينه‌هاى علوم اين كتاب عظيم الهى بهره‌بردارى كند ولى در حوزه‌هاى علميه حتى يك درس رسمى تفسير قرآن وجود نداشت. جامعه ما براى اين‌كه بتواند عقايد خودش را در مقابل عقايد ديگران عرضه كند و از آنها دفاع نمايد به قدرت استدلال عقلى احتياج داشت. مى‌بايست درس‌هايى در حوزه وجود داشته باشد تا قدرت تعقل و استدلال فراگيران را بالا ببرد. چنين درس‌هايى در حوزه تدريس نمى‌شد. روحانيت به عنوان قشرى از جامعه كه عهده‌دار رهبرى معنوى مردم است مى‌بايست آراسته به فضايل اخلاقى و آشنا به رموز معنوى باشد. چنين تعليم و تربيتى هم وجود نداشت مگر در گوشه و كنارى و براى افراد نادرى. به زبان ديگر، اساس اسلام بر كتاب، سنت و عقل است و كتاب و سنت براى شناخت محتواى رسالت پيامبر اكرم(صلى الله عليه وآله) و بيانات جانشينان معصوم اوست و قدرت تعقل براى اثبات مسايل اصولى دين و دفاع كردن در مقابل شبهاتى است كه از سوى مكتب‌هاى بيگانه نسبت به مبانى اسلام وارد مى‌شود.

اما در حوزه‌ها فقط فقه و اصول بود كه بخشى از سنت پيامبر و ائمه(عليهم السلام)