مطرح در اين علوم بر اساس ارتباط آنها با مباني مي‌رسد. يکي از مهم‌ترين مسائل معرفت‌شناختي، که نقشي اساسي در علوم مختلف دارد، سؤال از راه‌ها و منابع معرفت است. منظور ما از يافتن راه‌ها و منابع معرفت، مشخصاً پاسخ به اين سؤال است که آيا راه شناخت واقعيات هستي، منحصر در حواس پنج‌گانه است يا عقل و وحي هم به عنوان منابعي مستقل در زمينة شناخت حقايق کارآيي دارند؟ ما در معرفت‌شناسي اثبات مي‌کنيم که همة راه‌هاي معرفت به معرفت‌هاي حسي ختم نمي‌شوند، و عقل جايگاهي مهم در معرفت‌ بشري دارد. به‌علاوه، به‌وسيلة دلايل عقلي، اعتبار راه وحي را نيز اثبات مي‌کنيم.

بنابراين، اولين گام براي توليد علم ديني، و اسلامي‌کردن علوم، اين است که مباني علوم را با دلايل متقن اثبات کنيم. ادعاي ما اين است که مي‌توانيم با دلايل عقلي يقيني، منظومه‌اي از علوم و معارف را ارائه بدهيم که منطقي‌ترين بحث‌ها در آن مطرح شده و به اثبات رسيده باشند، و با مباني فکر اسلامي هم‌خواني داشته باشند. از اين‌رو مي‌توان آن را علم اسلامي يا علم ديني ناميد، زيرا اين حقايق همان چيزي است که اسلام ـ و به فرمايش مقام معظم رهبري، «قرآن»ـ مي‌گويد. اين منظومة فکري از اساسي‌ترين نقطه در فکر بشر که معرفت‌شناسي است، شروع شده، به دنبال آن هستي‌شناسي، انسان‌شناسي، و ديگر علوم و معارف مي‌آيند. تا معرفت‌شناسي صحيحي نداشته باشيم، نوبت به حل مسائل هستي‌شناختي نمي‌رسد، و بدون داشتن فهمي صحيح از مسائل کلي هستي (فلسفه)،