گاهى تفاوتى در استنباط‌‌هاى آنها پديد مى‌‌آيد فتاواى مختلفى صادر مى‌‌كنند. از اين جهت اختلاف فتاواى فقها امرى طبيعى و عادى است و كسى منكر آن نيست. توضيح اينكه: بخشى از منابع فقهى از نظر سند و دلالت يقينى است و در استنباط فقها از آن اختلافى رخ نمى‌‌دهد و همه فقها كه آشنا به شيوه استنباط احكام شرعى هستند، فتوا و حكم واحدى ارائه مى‌‌دهند. محصول اين استنباط يقينى از منابع يقينى و قطعى، احكام ضرورى و قطعى و مسلّم اسلامى است كه به جهت قوّت اسناد منابع، و قطعى بودن دلالت آنها اختلافى در آنها نيست. اما بسيارى از ادله فقهى يا از نظر سند قطعى نيستند و يا از دلالت قوى و يقينى برخوردار نيستند، در نتيجه استنباط فقها از آن ادله متفاوت مى‌‌گردد.

در زمان غيبت، چون فقها دسترسى به معصوم ندارند، براى استنباط احكام شرعى ناچارند به كتاب‌‌هاى روايى مراجعه كنند. كتاب‌‌هايى كه داراى نسخه‌‌هاى گوناگونى هستند و اشكالات چاپى و خطى فراونى در آنها وجود دارد. گاهى خواندن نسخه‌‌هاى خطى كه در معرض رطوبت هوا و نور آفتاب قرار گرفته‌‌اند، دشوار است و گاهى براى خواندن خطوط قديمى و كهن كه بعضاً نقطه‌‌گذارى نيز نشده‌‌اند، بايد از متخصصان خط كه مهارت بالايى در خواندن نسخ خطى قديمى دارند استفاده شود. حال با توجه به اين اشكالات و با توجه به اينكه حتى امروزه كه از صنعت چاپ استفاده مى‌‌شود، اشكالات فراوان چاپى در كتاب‌‌ها وجود دارد كه فهم مطلب را دشوار مى‌‌كند و وقتى فقيه دسترسى به همه نسخه‌‌ها ندارد چگونه مى‌‌توان انتظار داشت كه در استنباط و فتاواى فقها اختلافى رخ ندهد؟

همچنين در سند روايات اشكالات فراوانى وجود دارد و در مواردى در سلسله سند نامى مشترك بين چند راوى ذكر شده كه برخى از آنها موثق و برخى ضعيف هستند و تشخيص هويت آن راوى مشكل است. مثلاً وقتى عنوان «ابن سنان» در سند روايتى آمده، با توجه به اينكه ابن سنان هم بر محمد بن سنان