کپلر و گاليله، فلکيات بطلميوس و طبيعيات ارسطو را متزلزل ساخت و در يک جمله، همه شئون انساني در اروپا دستخوش اضطراب و تزلزل گرديد.

دستگاه پاپ مدت‌ها در برابر اين امواج خروشان مقاومت کرد و دانشمندان را به بهانهٔ مخالفت با عقايد ديني ـ يعني همان آراي طبيعي و کيهاني که به‌عنوان تفسير کتاب مقدس و عقايد مذهبي از طرف کليسا پذيرفته‌شده بود ـ به محاکمه کشيد و بسياري از ايشان را در آتش تعصب کور و خودخواهي ارباب کليسا سوزانيد؛ ولي سرانجام، کليسا و دستگاه پاپ بود که با سرافکندگي مجبور به عقب‌نشيني شد.

رفتار خشن و تعصب‌آميز کليساي کاتوليک فايده‌اي جز بدبيني مردم نسبت به اربابان کليسا و به‌طور کلي نسبت به دين و مذهب نداشت، چنان‌که سقوط فلسفه اسکولاستيک يعني تنها فلسفه رايج آن عصر، موجب پيدايش خلأ فکري و فلسفي و سرانجام، شک‌گرايي جديد شد. تنها چيزي که در اين جريان پيشرفت کرد، گرايش اومانيستي و ميل به علوم طبيعي و تجربي در صحنهٔ فرهنگي، و گرايش به آزادي‌خواهي و دموکراسي در عرصهٔ سياست بود.

قرن‌ها بود که کليسا آرا و افکار بعضي از فيلسوفان را به‌عنوان عقايد مذهبي ترويج کرده بود و مردم مسيحي‌مذهب هم آنها را به عنوان اموري يقيني و مقدس پذيرفته بودند. ازجمله آنها نظريهٔ کيهاني ارسطويي و بطلميوسي بود که کپرنيک آن را واژگون کرد و ساير دانشمندان بي‌غرض هم به بطلان آن پي‌بردند و چنان‌که اشاره کرديم مقاومت‌هاي تعصب‌آميز کليسا و رفتار خشونت‌آميز ارباب کليسا با دانشمندان هم اثر معکوس بخشيد.

اين دگرگوني انديشه‌ها و باورها و فرو‌ريختن پايه‌هاي فکري و فلسفي، موجب پديد آمدن يک بحران رواني در بسياري از دانش‌پژوهان گرديد و چنين شبهه‌اي را در اذهان پديد آورد که: از کجا ساير عقايد ما هم باطل نباشد و روزي بطلانش آشکار نگردد؟ و از