داخل الحجرة المعطرة قدر الإمكان و فعلا فهذا ما كان يجب عمله، و لأن سقف الحجرة المعطرة كان قد احترق و وقعت الحجارة و التراب و ما يشبههما فوق القبور الشريفة، و لكن مهابة القبور الشريفة و الرهبة منها حالت دون ذلك، فلم يتجرءوا عل تنفيذ ذلك؛ و من هنا اجتمع مجلس شورى برئاسة والى المدينة منيف بن شيخة بن هاشم بن قاسم بن مهنى الحسينى و قرر فى هذا المجلس بموافقة أكابر المدينة كتابة عريضة و إرسالها إلى بغداد لتبليغ الأمر إلى الخليفة و لما كان ذلك فى أثناء استيلاء التتار على بغداد لم يأخذوا أى رد فتركوا مسجد السعادة على حالته تلك.

لما كان الضمير لن يقبل ترك مسجد السعادة فى حالة خراب كما أن ورود الإذن بخصوص تعمير المسجد قد تأخر كثيرا فعمر و رمم سادات المدينة و علماؤها و أعيانها جهات الحجرة المعطرة الثلاث تاركين الجهة الشامية، و فهموا أن الحكومة البغدادية و موظفيها لن يستطيعوا تعمير مسجد السعادة لما ابتلوا بهجوم التتار فى المحرم الحرام من سنة 656 ه، فراجعوا ملوك المسلمين الآخرين فى الأطراف، و كانت تعميرات الأهالى لحجرة السعادة مقتصرة على تغطيتها فقط، و قد بدئ فى هذا التعمير سنة 655 ه فصنعوا غطاء من قماش يسمى محايس يمنية و غطوا فوقها، و كانت بطانة هذا الغطاء من قماش أزرق و كانت الستارة أربع قطع و كانت كل قطعة على شكل باب فضموا بعضها ببعض و ألصقوها بلوحة خشبية مصنوعة من خشب يسمى الساج الهندى و لم تكن فى هذه اللوحة زينات و نقوش و كان اسم عاملها محكوكا عليها.

إن أول من استجاب لطلبات الأهالى لتجديد المسجد الشريف صاحب مصر المنصور نور الدين على بن الملك المعز عز الدين أيبك الصالحى و أرسل الأشياء اللازمة للبناء، ثم وصلت اللوازم التى أرسلها صاحب اليمن الملك المظفر شمس الدين يوسف بن المنصور بن عمر بن رسول فقرر بناء مسجد السعادة من جديد و شرع فى العمل بناء على أمر صاحب مصر و إشعاره و بعد أن بنيت الجهة القبلية