لمّا سمع بدخول الروس في بلاد إيران، و إعمال نفوذهم في بلاد المؤمنين عزم على الخروج من النجف لإخراج الروس من إيران، و استعدّ لذلك مع عدّة عديدة من علماء النجف.

قدّم بعض المقدّمات، و أعلن بخروجه يوم الثلاثاء في العشرين من ذي الحجّة من سنة 1329 (تسع و عشرين و ثلاثمائة بعد الألف) ففاجأه الأجل بين الطلوعين من ذلك اليوم فكان أعظم يوم، و أشأم يوم على الشيعة، و كان قد عمّر ثمانين سنة، ففتّ موته في عضد الإسلام، فقامت الشيعة في كلّ كورة بإقامة عزائه و النوح عليه.

و انتشر خبر موته في تمام الدنيا، في يوم وفاته نشر قناصل الدولة الأوروبية من بغداد، و جاء خبر موته إلى قنصل الروس من عامله في النجف بعد طلوع الشمس من يوم الثلاثاء بعد موته بساعة واحدة، كلّ ذلك سرورا بموته، لأنهم كانوا في اضطراب من حركته.

و له من الآثار الباقية مصنّفاته الجليلة النافعة في الفقه و الأصول، منها:

1-الكفاية في أصول الفقه، لم يصنّف مثلها، و لذا أكبّ عليه أهل العلم بالأصول، و تركوا قراءة القوانين و الفصول، و صاروا يقرأونها و يدرّسونها، و إليها اليوم المرجع.

2-حواشيه القديمة.

3-حواشيه الجديدة على رسائل شيخنا العلاّمة المرتضى الأنصاري (ره) .

4-الفوائد التي هي الفرائد في فنّ الأصول.

5-الحواشي على المكاسب.