بعض العمائر التي ما تزال ملتصقة بالمشهد من الجهة الغربية، مثل هذا المسجد الذي يعرف الآن باسم"مسجد الرأس"، و كان يعرف أيضا عند الإيرانيين في النجف بـ"مسجد زير دالان"أي جامع تحت الساباط، أو"جامع سر". و المسجد متّسع الأرجاء يكون أكبر المساجد الموجودة بالسور الخارجي للصحن.
قيل: إنّ غازان ملك التتار حينما جاء زائرا مرقد أمير المؤمنين عليه السّلام سنة 698 هـ، أمر أن يبنى مسجد على الموضع المعروف قديما بموضع رأس الحسين عليه السّلام، و إنّهم أقاموا لبنائه سنة كاملة ضاربين خيامهم في الصحراء بين النجف و مسجد الحنّانة في الثويّة حتى أكملوه، و عرف هذا المسجد بعد و إلى يومنا هذا بمسجد الرأس. [1]
و جاء في كتاب"مشهد الإمام علي": أكّد لنا رجوع هذا المسجد إلى عهد الإيلخانيين القاشاني الذي عثر عليه في محراب المسجد، و كذا البلاطة التي تعلو مستطيل المحراب. فنستطيع أن نقول: إنّ محراب مسجد الرأس يرجع إلى النصف الثاني من القرن السابع الهجري أو أوائل القرن الثامن، و على ذلك فإنّ المسجد يرجع إلى ذلك التاريخ على أقلّ تقدير، و بما أنّ المسجد يعتبر من المباني الملحقة بمشهد الإمام علي عليه السّلام، لهذا فإنّنا نؤيّد الرأي القائل بأنّ العمارة السادسة من عمل الإيلخانيين، و إنّ بعض آثارها ما تزال باقية في مسجد الرأس. [2]
تجديد و ترميم المسجد
و المبنى الحالي للمسجد جدّد و رمّم عدّة مرات، فقد جدّد في عهد الشاه عباس الأول عند تعميره الروضة و القبّة المطهّرة و الصحن الشريف. كما جدّد في عهد نادر شاه الأفشاري و هو التجديد الأخير، و ذلك عند ما قام بتذهيب القبّة و المأذنتين و الإيوان الشرقي الكبير سنة 1156 هـ.