مدرسة القزويني‌

تقع على مقربة من الصحن الشريف على المرتفع المعروف بالطمّة. أسّسها محمد أغا الكروري القزويني عام 1324 هـ.

مدرسة البادكوبي‌

تقع في محلّة المشراق عند الطرف الشمالي لمدرسة الصدر. بناها الحاج علي نقي البادكوبي عام 1325 هـ.

مدرسة الآخوند الوسطى‌

تقع في محلّة البراق في شارع آل الأعسم، قام بتأسيسها الشيخ محمد كاظم الآخوند الخراساني عام 1326 هـ كما يظهر من بيتي الشعر على بابها:

هذى مدينة علم # و باب سرّ العوالم‌

للعلم شيدت فأرّخ # (لمعدن العلم كاظم)

مدرسة السيّد محمد كاظم اليزدي‌

هي من أهم المدارس الدينية في النجف لسعتها و فخامتها. تقع في أحد الأزقة المتفرّعة من سوق محلّة الحويش و الذي فيه مدرسة الفاضل الشربياني. تمّ بناؤها عام 1327 هـ كما تحكية أبيات الشعر التي تعلو بابها:

قد أبهج المصطفى و عترته # بذا و قالوا شيّدت دعائمنا

يا طالبي فقهنا و حكمتنا # دونكم هذه معالمنا

مدارس الدين أرّخوا (لكم # جدّد للعلوم كاظمنا)

مدرسة الآخوند الصغرى‌

تقع في محلّة البراق. تمّ بناؤها عام 1328 هـ.

مدرسة البخارائي‌

تقع في محلّة الحويش مجاورة لمدرسة الشيخ الآخوند الكبرى، و قد تمّ بناؤها عام 1329 هـ.