قيمة ذلك كله 112 ألف فرنك، و لم يكتف الفرنسيون بذلك بل جاسوا خلال الدار و حفروا الارض بحثا عن الخبايا، حتى أعياهم البحث و لم يجدوا شيئا، ثم نقلوه إلى السجن و صاروا يضربونه خمس عشرة عصا في الصباح و مثلها في الليل، وجدوا في البحث وراء زوجته و ابنه حتى قبضوا أخيرا على تابعة محمد السندوبي الذي عذبوه حتى أقر على مكانهما، فقبضوا عليهما، و سجنوا زوجته معه، و صاروا يضربونه أمامها زيادة في التعذيب، فشفع فيها كبار العلماء لنقلها من السجن، فأصدر الجنرال كليبر أمرا بتاريخ 22 مايو بنقلها إلى منزل الشيخ سليمان الفيومي. و صودرت املاك الشيخ السادات و مرتباته و أوقاف أسلافه، و بقي معتقلا حتى أفرج عنه في عهد قيادة الجنرال مينو في 25 صفر سنة 1215 (19 يولية سنة 1800) و شرطوا عليه ألا يجتمع بالناس، و ألا يركب دون إذن من القيادة الفرنسية. و قد بقي رهن المراقبة في داره حتى اعتقل للمرة الرابعة في أواسط شوال 1215 (أوائل مارس سنة 1801) بعد وصول الحملة الإنجليزية العثمانية إلى مصر، و قد اتخذ الفرنسيون هذا الإجراء خوفا من ان يثير عليهم الشيخ السادات الأهالي، و قد توفي ابنه أثناء اعتقاله فأذن له بتشييعه مخفورا، و لما انتهى ذلك أعيد إلى سجنه بالقلعة.

و يقول نابليون في مذكراته تعليقا على اضطهاد الشيخ السادات: أن تعذيبه كان من أهم الأسباب التي أدت إلى مصرع الجنرال كليبر في 2 صفر 1216 (14- يونيه سنة 1800).

و كان السيد عمر مكرم الرأس المفكر لثورة القاهرة الثانية، و اليه يرجع الفضل في تعبئة القوات الوطنية تعبئة قلما تتوفر في ثورة من الثورات، و لم يستطع الفرنسيون القبض عليه عقب إخماد الثورة، إذ تمكن من الفرار من القاهرة تاركا أملاكه عرضة للنهب و المصادرة، و لم يدخل القاهرة بعد ذلك حتى جلاء الفرنسيين عن عاصمة البلاد في ربيع الأول سنة 1216 (يولية 1801).

و قد اختارت الزعامة الشعبية ممثلة في السيد عمر مكرم و الشيخ‌