وجه نابليون نظره إلى الأزهر، إذ كان يعلم أنه المعسكر العام للثورة، فقبض على زعماء الحركة، و أصدر أمره إلى الجنرال بون قومندان القاهرة بأن يأخذهم ليلا إلى شاطى‌ء النيل- ما بين مصر القديمة و بولاق- حيث يعدمهم، ثم يلقى بجثثهم في النهر. و بهذه الطريقة خفى علينا تاريخ كثير من المجاهدين الذين استشهدوا في هذه الثورة.

اما الذين حوكموا رسميا من العلماء باعتبارهم من زعماه الثورة فهم:

الشيخ إسماعيل البراوي و الشيخ أحمد الشرقاوي و كانا يقومان بالتدريس في الأزهر، و الشيخ عبد الوهاب الشبراوي و كان يقوم بقراءة كتب الحديث كالبخاري و مسلم في المشهد الحسيني، و الشيخ يوسف المصيلحي و كان يقوم بالتدريس في جامع الكردي، و الشيخ سليمان الجوسقي و كان من العلماء المشهورين بشدة السطو و البأس، و كانت محاكمتهم سرية و قد حكم عليهم بالإعدام في يوم 27 جمادي الأولى 1213 (3 نوفمر 1798).

و في الساعة الثامنة من صباح يوم 28 جمادي الأولى (4 نوفمبر) أخرجوا من سجنهم إلى القلعة حيث تلى عليهم الحكم، ثم أعدموا رميا بالرصاص، و لم يعلم لهم قبر بعد مقتلهم، و يروي الجبرتي أن الفرنسيين ألقوهم من السور خلف القلعة بعد تنفيذ الحكم.

و قد نشرت صحيفة (كورييه دليجبت) بالعدد الصادر في 10 نوفمبر سنة 1798 م (غرة جمادي الآخرة 1213 ه) نبأ إعدامهم و أضافت إلى الأسماء التي ذكرها الجبرتي اسم (السيد عبد الكريم) الذي لم يوقف له على ذكر.

و كان الشهداء من العلماء خلال هذه الثورة أكثر من هذا العدد، إذ قرر الشيخ عبد اللّه الشرقاوي في تاريخه «تحفة الناظرين» أن الفرنسيين قتلوا ثلاثة عشر عالما و يؤيد ذلك ما رواه المعلم نقولا الترك في كتابه «ذكر