نه تنها پس از عزل یا همراه با فرمان عزل، دلجوئی و قدردانی مطرح بود بلکه پس از شهادت فرماندهان معزول، همواره از خدمات آنها سخن می‌گفت و خوبی‌ها و تلاش آنها را متذکّر می‌شد.
زیرا عزل و جایگزینی فرماندهان نباید دلیل بر بی‌لیاقتی و بی‌ارزشی افراد باشد.
هر کسی با توانائیهائی که دارد،
با صفات و شرائطی که بر او حاکم است،
برای نوعی کار و تلاش مفید است، که در دیگر کارها، و پُست‌ها، ناتوان است،
اگر کار و تلاش را وظیفه الهی بدانیم، و انسان‌ها را مسئول، و به مسئولیت الهی مشاغل معتقد باشیم، هرگز در عزل و نصب‌ها دچار سرگردانی و انحراف نمی‌شویم.
حضرت امیرالمؤمنین علی علیه السلام پس از شهادت محمد بن ابی بکر نیز از خدمات او یاد می‌کرد، و تلاش‌های او را می‌ستود،
در نامه‌ای به عبداللَّه بن عبّاس نوشت:
أَمَّا بَعْدُ، فَإِنَّ مِصْرِ قَدِ افْتُتِحَتْ، وَمُحَمَّدُ بْنُ أَبِی بَکْرٍ رَحِمَهُ اللَّهُ قَدِ اسْتُشْهِدَ، فَعِنْدَ اللَّهِ نَحْتَسِبُهُ وَلَداً نَاصِحاً، وَعَامِلاً کَادِحاً، وَسَیفاً قَاطِعاً، وَرُکْناً دَافِعاً.
وَقَدْ کُنْتُ حَثَثْتُ النَّاسَ عَلَی لَحَاقِهِ، وَأَمَرْتُهُمْ بِغِیاثِهِ قَبْلَ الْوَقْعَةِ، وَدَعَوْتُهُمْ سِرّاً وَجَهْراً، وَعَوْداً وَبَدْءً، فَمِنْهُمْ الْآتِی کَارِهاً، وَمِنْهُمُ الْمُعْتَلُّ کَاذِباً، وَمِنْهُمُ الْقَاعِدُ خَاذِلاً.
أَسْأَلُ اللَّهَ تَعَالَی أَنْ یجْعَلَ لِی مِنْهُمْ فَرَجاً عَاجِلاً. [1] .
(امّا بعد از ستایش خداوند! «مصر» به دست دشمن گشوده شده، و «محمد بن ابی بکر»، که خدا رحمتش کند بشهادت رسیده.
این مصیبت را بحساب خداوند می‌گذاریم و اجر آن را از خدا مسألت داریم:
(مصیبت فرزندی ناصح، و کارگزاری تلاشگر و کوشا، شمشیری برنده و قاطع، و ستونی بازدارنده، من مردم را به ملحق شدن باو و همکاریش تشویق و تحریص کردم و بآنها فرمان دادم که پیش از وقوع واقعه بفریادش برسند.
من آنها را آشکارا و پنهانی، از آغاز تا انجام در حرکت به سوی او دعوت کردم، عدّه‌ای هماهنگی خود را با اکراه اعلام، و گروهی بطور دروغین خود را به بیماری زدند؛
و گروه سوم افرادی بودند که برای تنها ماندن «سپاه حق» دست از یاریش کشیدند.
از خداوند تقاضا می‌کنم که برای نجات من از میان اینگونه افراد فَرَجی عاجل قرار دهد) [2] .