پس از بیعت عمومی مردم و تحقّق حکومت، حضرت امیرالمؤمنین‌علیه السلام بر جامعه اسلامی، بلافاصله تمام مدیران و کارگزاران حکومتی دورانِ خلیفه سوم را عزل و به جای آنان در محرّم 36 هجری فرمانداران و استانداران و فرماندهان نظامی لایقی منصوب فرمود.
از جمله نامه‌ای به معاویه نوشت که پُست فرمانداری شام را به (سهل بن حُنیف) تحویل داده، به مدینه باز گردد.
بسیاری از سیاستمداران به امام علی‌علیه السلام گفتند:
«به معاویه مهلت بده، او کسی نیست که دِل از حکومت و قدرت بر دارد.
چون از زمان عُمَر پایه های حکومت را استحکام بخشید، و اموال فراوانی گِرد آورد و با سردمداران توطئه‌گر قریش در ارتباط است.
صبر کن تا پایه‌های حکومت شما محکم گردد، آنگاه معاویه را عزل کن.»
امّا حضرت امیرالمؤمنین‌علیه السلام در برابر تمام این نظریه های سیاسی و پیشنهادهای غیر متعهّدانه تسلیم نشد و کار تصفیه مدیریت های سیاسی کشور را حتّی یک لحظه از یاد نبرد و در همان آغاز حکومت به معاویه نوشت:
مِنْ عَبْدِ اللَّهِ عَلِی أَمِیرِ الْمُؤْمِنِینَ إِلَی مُعَاوِیةَ بْنِ أَبِی سُفْیانَ:
أَمَّا بَعْدُ، فَقَدْ عَلِمْتَ إِعْذَارِی فِیکُمْ، وَإِعْرَاضِی عَنْکُمْ، حَتَّی کَانَ مَا لَابُدَّ مِنْهُ وَلَا دَفْعَ لَهُ؛ وَالْحَدِیثُ طَوِیلٌ، وَالْکَلَامُ کَثِیرٌ، وَقَدْ أَدْبَرَ مَا أَدْبَرَ، وَأَقْبَلَ مَا أَقْبَلَ. فَبَایعْ مَنْ قِبَلَکَ، وَأَقْبِلْ إِلَی فِی وَفْدٍ مِنْ أَصْحَابِکَ. وَالسَّلَامُ. [1] .
«از بنده خدا علی امیرمؤمنان، به معاویة بن ابی سفیان پس از یاد خدا و درود! می‌دانی که من درباره شما معذور، و از آن چه در مدینه گذشت روی گرداندم، تا شد آن چه که باید می‌شد، و بازداشتن آن ممکن نبود، داستان طولانی و سخن فراوان است و گذشته‌ها گذشت، و آینده روی کرده است، تو و همراهانت بیعت کنید، و با گروهی از یارانت نزد من بیا، با درود.»
امّا معاویه وقت کشی کرد و کار بیعت با امام علی‌علیه السلام و بازگشت به مرکز خلافت را به امروز و فردا واگذاشت،
و آنگاه طی نامه‌ای از حضرت امیرالمؤمنین‌علیه السلام خواست که فرمانداری شام را به او واگذارد
امام در نامه‌ای پاسخ قاطع به او داد و نوشت:
وَأَمَّا طَلَبُکَ إِلَی الشَّامَ فَإِنِّی لَمْ أَکُنْ لِأُعْطِیکَ الْیوْمَ مَا مَنَعْتُکَ أَمْسِ.
وَأَمَّا قَوْلُکَ: إِنَّ الْحَرْبَ قَدْ أَکَلَتِ الْعَرَبَ إِلَّا حُشَاشَاتِ أَنْفُسٍ بَقِیتْ، أَلَا وَمَنْ أَکَلَهُ الْحَقُّ فَإِلَی الْجَنَّةِ، وَمَنْ أَکَلَهُ الْبَاطِلُ فَإِلَی النَّارِ.
وَأَمَّا اسْتِوَاؤُنَا فِی الْحَرْبِ وَ الرِّجالِ فَلَسْتَ بِأَمْضَی عَلَی الشَّکِّ مِنِّی عَلَی الْیقِینِ، وَلَیسَ أَهْلُ الشَّامِ بِأَحْرَصَ عَلَی الدُّنْیا مِنْ أَهْلِ الْعِرَاقِ عَلَی الْآخِرَةِ. وَأَمَّا قَوْلُکَ: إِنَّا بَنُو عَبْدِ مَنَافٍ، فَکَذلِکَ نَحْنُ، وَلکِنْ لَیسَ أُمَیةُ کَهَاشِمِ، وَلَا حَرْبٌ کَعَبْدِ الْمُطَّلِبِ، وَلَا أَبُو سُفْیانَ کَأَبِی طَالِبٍ، وَلَا الْمُهَاجِرُ کَالطَّلِیقِ، وَلَا الصَّرِیحُ کَاللَّصِیقِ، وَلَا الُْمحِقُّ کَالْمُبْطِلِ، وَلَا الْمُؤْمِنُ کَالْمُدْغِلِ. وَلَبِئْسَ الْخَلْفُ خَلْفٌ یتْبَعُ سَلَفاً هَوَی فِی نَارِ جَهَنَّمَ. وَفِی أَیدِینَا بَعْدُ فَضْلُ النُّبُوَّةِ الَّتِی أَذْلَلْنَا بِهَا الْعَزِیزَ، وَنَعَشْنَا بِهَا الذَّلِیلَ. وَلَمَّا أَدْخَلَ اللَّهُ الْعَرَبَ فِی دِینِهِ أَفْوَاجاً، وَأَسْلَمَتْ لَهُ هذِهِ الْأُمَّةُ طَوْعاً وَکَرَهاً، کُنْتُمْ مِمَّنْ دَخَلَ فِی الدِّینِ: إِمَّا رَغْبَةً وَإِمَّا رَهْبَةً، عَلَی حِینَ فَازَ أَهْلُ السَّبْقِ بِسَبْقِهِمْ، وَذَهَبَ الْمُهَاجِرُونَ الْأَوَّلُونَ بِفَضْلِهِمْ، فَلَا تَجْعَلَنَّ لِلشَّیطَانِ فِیکَ نَصِیباً، وَلَا عَلَی نَفْسِکَ سَبِیلاً، وَالسَّلَامُ. [2] .