الأوقات. رسالة في الرجعة. ترجمة عهد أمير المؤمنين ع إلى مالك الأشتر. اختيارات الأيام. رسالة في الجنة والنار. رسالة في احكام الجائز. مناسك الحج رسالة أخرى فيها. مفاتيح الغيب في الاستخارة.
رسالة في مال النواصب. رسالة في الزكاة. رسالة في الكفارات. رسالة في آداب الرمي. رسالة في صلاة الليل. رسالة في آداب الصلاة. رسالة السابقون.
السابقون. رسالة في الفرق بين الصفات الذاتية والعقلية. رسالة في التعقيب.
رسالة في البداء. رسالة في الجبر والتفويض رسالة في النكاح. ترجمة فرحة الغري لعبد الكريم بن طاوس. ترجمة توحيد المفضل. ترجمة توحيد الرضا ع. ترجمة الزيارة الجامعة. ترجمة دعاء كميل. ترجمة دعاء المباهلة. ترجمة دعاء السمات. ترجمة دعاء الجوشن الصغير. ترجمة حديث عبد الله بن جندب. ترجمة حديث رجاء بن أبي الضحاك. ترجمة قصيدة دعبل الخزاعي. ترجمة حديث ستة أشياء ليس للعباد فيها صنع المعرفة والجهل والرضا والغضب والنوم واليقظة. أنشأت كتبها بعد رجوعه من المشهد الغروي في الشوق اليه. رسالة في الجزية واحكام الذمة. مناجاة.
أجوبة المسائل المتفرقة. ويقال ان تصانيفه تبلغ ألف ألف وأربعمائة ألف وألفان وسبعمائة بيتا والبيت في اصطلاح الكتاب عبارة عن خمسين حرفا وإذا وزعت على عمره لحق كل يوم ثلاثة وخمسون بيتا وكسر. ولا يخفى انه كان له كتاب يدلهم على مواضع ما يريد نقله فينقلونه فيكون له الاختيار والترتيب وعليهم النقل غالبا ومما اعانه على تأليف البحار انه كان جماعا للكتب مولعا باقتنائها حتى أنه حكي ان كتاب مدينة العلم للصدوق لم تكن له نسخة على عهده فبلغه ان نسخته توجد في اليمن فحمل الشاه على إنفاذ رسول لاحضاره مهما كلفه الامر ففعل وأحضرها كما مر ووجدنا على بعض نسخ الفقيه ما صورته:
يقول تراب اقدام المحدثين محمد باقر بن محمد تقي عفى الله عن سيئاتهما أخبرني بهذا الكتاب وسائر كتب الاخبار حشر الله تعالى مؤلفيها مع الأبرار عدة من الأفاضل والثقات منهم والدي العلامة قدس الله أرواحهم عن الشيخ بهاء الملة والدين محمد العاملي عن والده الفقيه الحسين بن عبد الصمد عن الشيخ زين الملة والدين الشهير بالشهيد الثاني عن الشيخ نور الدين علي بن عبد العالي الميسي عن الشيخ شمس الدين محمد بن المؤذن الجزيني عن الشيخ ضياء الدين علي عن والده السعيد الشهيد محمد بن مكي عن الشيخ فخر الدين أبي طالب محمد عن والده العلامة جمال الملة والدين الحسن بن يوسف بن المطهر عن والده وعن شيخه المحقق نجم الدين أبي القاسم جعفر بن الحسن بن يحيى بن سعيد عن السيد فخار بن معد الموسوي عن الشيخ شاذان بن جبرائيل القمي عن الشيخ العماد أبي جعفر محمد بن أبي القاسم الطبري عن الشيخ أبي علي الحسن عن والده شيخ الطائفة محمد بن الحسن الطوسي عن الشيخ السديد المفيد محمد بن محمد بن النعمان عن الشيخ الصدوق محمد بن بابويه القمي رضي الله عنهم أجمعين وحشرهم مع الأئمة الطاهرين صلوات الله عليهم أجمعين ولي إليهم طرق كثيرة أوردتها في كتاب بحار الأنوار وغيره.
من تلاميذه الشيخ محمد حسين الشيرازي وهذا لم يذكره الميرزا حسين النوري لأنه لم يطلع عليه وقد أرانا صديقنا الفاضل السيد ميرزا أبو القاسم النجفي نسخة من إرشاد المفيد كتبت بخط تلميذه هذا في 21 رمضان سنة 1082 وعليها إجازة المجلسي له بخطه وصورتها: بسم الله أجزت للأخ في الله المحبوب لوجه الله المبتغي لمرضاته سبحانه ميرزا محمد حسين وفقه الله تعالى لمراضيه ان يروي عني هذا الكتاب المستطاب وسائر ما اخذه عني في مجالس عديدة مع جم غفير من إخواننا المؤمنين بأسانيدي المكثرة المتصلة إلى مؤلفيها من أفاضل علمائنا رضوان الله عليهم أجمعين مراعيا لشرائط الرواية طالبا لأقصى مدارج الدراية داعيا لي ولمشائخي في مظان الإجابة وكتب بيمناه الوازرة الدائرة أفقر العباد إلى عفو ربه الغني محمد باقر بن محمد تقي عفي عنهما. آخر جمادى الآخرة سنة 1095. وفي أول النسخة: أخبرنا السيد السند الاجل عميد الرؤساء أبو الفتح يحيى بن نصر بن علي بن حبا أدام الله علوه قراءة سنة أربعين وخمسمائة قال حدثنا القاضي الاجل أبو المعالي أحمد بن علي بن قدامة في سنة 478 قال حدثني الشيخ السعيد المفيد أبو عبد الله محمد بن محمد بن النعمان في سنة 411 قال الحمد لله الخ. 383:
السيد محمد باقر ابن السيد حيدر ابن السيد إسماعيل الصدر. ولد في الكاظمية سنة 1353 واستشهد سنة 1400. في 24 جمادى الأولى سنة 1400.
هو من بيت اشتهر بالعلم. ثاني اخوة ثلاثة أكبرهم السيد إسماعيل، وثانيهم المترجم وثالثهم السيدة آمنة رفيقة أخيها في الشهادة.
منذ أيام دراسته الأولى عرف بالنبوغ المبكر، واتسم حضوره العلمي حتى في فترة التلمذة، بالأصالة والحرية الفكرية، وصل إلى مرتبة الأساتذة الكبار في النجف الأشرف ابتداء من سنة 1378 ه، وهذا امر غير عادي بالنسبة للتقاليد العلمية، ليس في النجف فقط، بل في كل المعاهد والمراكز العلمية.
هو مؤسس مدرسة فكرية اسلامية أصيلة تماما، اتسمت بالشمول من حيث المشكلات التي عنيت بها وميادين البحث، فكتبه فلسفتنا والأسس المنطقية للاستقراء. والمرسل والرسول والرسالة عالجت البنى الفكرية العليا للاسلام في حين ان اقتصادنا والبنك اللا ربوي في الاسلام والإنسان المعاصر والمشكلة الاجتماعية عنيت بطرح التصور الاسلامي لمشاكل الانسان المعاصر، هذا بالإضافة إلى كتبه في الفقه والأصول التي قدم فيها إضافات هامة وأصيلة.
ولا تفوتنا الإشارة إلى مجموعة محاضراته حول التفسير الموضوعي للقرآن التي طرح فيها منهجا جديدا في التفسير اتسم بعبقريته وأصالته.
منذ اثنتي عشرة سنة لاحقه النظام الحاكم في العراق فمنع من إقامة الصلاة في فترات كثيرة، ومنع من التدريس واعتقل عدة مرات ثم وضع في الإقامة الجبرية في منزله بالنجف الأشرف، وحيل بينه وبين الناس تماما عدة ثمانية أشهر.
ثم مضى شهيدا سعيدا وكان بحق جديرا بلقب الشهيد الثالث.
درس على أخيه السيد إسماعيل المبادئ، ثم درس في النجف على الشيخ محمد رضا آل ياسين خاله والسيد أبو القاسم الخوئي.
كان في السادسة عشرة من سنه يزامل في الدراسة كبار العلماء عند آل ياسين.